1、两者的成立依据法源不同
司法鉴定所是依据全国人民代表大会常务委员会通过的《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》规定而设立;公安局法医检验所(一般叫叫法医鉴定中心)是依据《刑事诉讼法》第105条规定“为了确定被害人、犯罪嫌疑人的某些特征、伤害情况或者生理状态，可以对人身进行检查。被告人如果拒绝检查，侦查人员认为有必要的时候，可以强制检查。检查妇女的身体，应当由女工作人员或者医师进行。”而设立。
2、隶属关系不同
法医鉴定中心是公安机关的内设机构，由公安机关管理;司法鉴定所是依法成立(具备法定条件都可以成立)，由司法机关管理(国务院司法行政部门主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作。省级人民政府司法行政部门依照本决定的规定，负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制和公告)。
3、业务范围不同
法医鉴定是以活体损伤的鉴定工作为主要研究对象，运用临床医学的理论与技术，研究并解决涉及法律问题的人体伤、残及其他生理、病理等问题;司法鉴定则包括了，物，事等鉴定对象，涉及更广泛。
4、受鉴时限宽度不同
法医鉴定须及时鉴定，多为临事临床鉴定，而司法鉴定可以事后进行，相对时间宽度要大的多。
司法鉴定与检验的关系如何这个问题的答案上面已经做了详细介绍了，它们是完全不同的两种手段，至于实践中是选用司法鉴定还是采用检验，主要要根据具体情况而定，当然司法鉴定当事人必须遵循程序，还要支付相应的费用，否则是无法启动司法鉴定程序的。
