进行司法亲子鉴定时，怎样收取费用应该由鉴定机构与申请人协商，协商达成意见的在司法鉴定委托书在载明。
根据《司法鉴定通则》
第十六条 司法鉴定机构决定受理鉴定委托的，应当与委托人签订司法鉴定委托书。司法鉴定委托书应当载明委托人名称、司法鉴定机构名称、委托鉴定事项、是否属于重新鉴定、鉴定用途、与鉴定有关的基本案情、鉴定材料的提供和退还、鉴定风险，以及双方商定的鉴定时限、鉴定费用及收取方式、双方权利义务等其他需要载明的事项。
第十七条 司法鉴定机构决定不予受理鉴定委托的，应当向委托人说明理由，退还鉴定材料。
相对于个人亲子鉴定，司法亲子鉴定具有公开，收费高等特点。一般选择亲子鉴定的委托人只是想知道孩子是否是自己的，以便有个说法，有个安排，并不想把这种事闹大到法庭上，因此，参加个人亲子鉴定就可以了。但某些特殊的场合依然需要进行司法亲子鉴定，如遗产登记、户口登记、移民办理等。
司法亲子鉴定是指必由相关机构出具委托书(需要律师函或者法院开具的委托书)，
经过一系列司法公证程序所完成的鉴定，具有法律效力，可作为法庭证据使用。
(1)被鉴定人应由母-子-可疑父亲组成;
(2)成年被鉴定人均应自愿同意鉴定，14岁以上的青少年应适当争求其对鉴定的意见;
(3)被鉴定人出示身份证(或工作证)、孩子出生证(或户口)等证明身份及其相互关系的证件;
(4)出具由法院、检察院、公安部门或律师事物所签发的亲子鉴定委托书，注明父母和孩子的姓名、地址、身份证以及申请原因等;
(5)按照司法亲子鉴定的有关规定，一家三口往往要抽取一定数量的血液。
司法亲子鉴定的结果可以用于公、检、法、司，比如报户口，财产分配，出国签证，打官司等，所以了解司法亲子鉴定手续，是很有必要的，对最后的结果也很有帮助。
就司法亲子鉴定和个人亲子鉴定而言，两者除了在用途上有差别外，测试技巧及准确度是一致的，结果也是一样的。然而在接受司法亲子鉴定时，一般在采集样本时，需要相关人员到到场留下指纹及拍摄照片作身份证明，并提供相关的证件和委托信函。
以上就是对上海市亲子鉴定机构都能进行司法鉴别吗的相关解释。一般进行亲子鉴定需要到司法委托的司法鉴定机关进行，并且依照了司法公证的程序进行，则可以成为法庭上的相关证据。同时，亲子鉴定也有相应的规定，涉及到十四岁以上的当事人，则需要考虑当事人的意见。
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