存疑不起诉并不一定就需要支付国家赔偿，检察机关的不起诉可分为三种情形：
1、犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任的不起诉，称为“绝对不起诉”(或“法定不起诉”);
2、依法不需要判处刑罚或免除刑罚的不起诉，称为“相对不起诉”(或“酌定不起诉”);
3、证据不足不符合起诉条件的不起诉，称为“存疑不起诉”(或“疑案不起诉”)。
根据我国《宪法》第三十七条规定:“中华人民共和国公民的人身自由权不受侵犯。”据此，人身自由权是公民依法享有的固有、基本的权利，任何组织和个人都不得对其加以非法剥夺和侵害。但国家在行使司法权力时，难免会使少数无辜公民的权利受到损害，在这种情况下，国家就应承担责任给予赔偿，从宪法角度上讲，这种赔偿实际是一种恢复和弥补。
存疑不起诉可以申请国家赔偿。存疑不起诉说明检察院是在案件事实不清，证据不足的情况下在才决定不起诉的，在这种情况下，之前被羁押的人员是无罪的，其当然可以请求国家赔偿。
《中华人民共和国国家赔偿法》
第十五条 行使侦查、检察、审判、监狱管理职权的机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
(一)对没有犯罪事实或者没有事实证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的;
(二)对没有犯罪事实的人错误逮捕的;
(三)依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的;
(四)刑讯逼供或者以殴打等暴力行为或者唆使他人以殴打等暴力行为造成公民身体伤害或者死亡的;
(五)违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。
一是存疑不起诉。人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定。
具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
(1)、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(2)、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(3)、据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(4)、根据证据得出的结论具有其他可能性的。
二是绝对不起诉。人民检察院对于符合下列情形之一的案件，经检察长决定，应当作出不起诉决定。
(1)、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(2)、犯罪已过追诉时效期限的;
(3)、经特赦令免除刑罚的;
(4)、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(5)、犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(6)、其他法律规定免予追究刑事责任的。
三是相对不起诉。人民检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定。
检察院在审查案件的过程之中，若是发现提交的证据并不足以判决案件，或者是在审查的过程之中，存在疑惑，此时不可以直接就不起诉，而是必须要说明理由，否则是会被要求支付国家赔偿的，并且任何的国家赔偿的案件，都是需要在限定的期限内就支付赔偿金的。
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