对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。
对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足的，不符合起诉条件的，可以做出不起诉的决定。这种不起诉的适用前提是案件必须经过补充侦查。这里需要指出，所谓“可以”做出不起诉决定，并不意味着检察机关有权在起诉与否之间做出自主选择，因为证据不足属于不具备起诉条件的情况，因而不能提出起诉。在此意义上，所谓“可以”一词的表述并不准确，科学的含义是“应当”。
依据最高人民检察院的《规则》的规定，具有下列情形之一的，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪或需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件，可以做出不起诉决定：
1、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
2、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的
3、据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
4、根据证据得出的结论具有其他可能性的。
三、哪些情况属于法定不起诉?
1、实施的行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。
2、犯罪已过追诉时效期限的。
3、经特赦令免除刑罚的。
4、依照刑法规定，属于告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的。
5、被告人死亡的。
6、其他法律、法令规定免予刑事处罚的。
我国法律上明确规定了存疑不起诉的相关认定，主要目的在于维护法律权威，避免法律适用错误，对犯罪事实不清楚的情况可以不予起诉，但如果当事人的家属对此不同意或者有异议的，可以直接向上级司法机关申诉，并要求作出重新认定和判决。
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