一、移送审查起诉发现公安局立案程序违法会怎么处理?
移送审查起诉发现公安局立案程序违法的话一般会退回公安机关补充侦查，要求公安机关就立案问题补充相关说明，《刑事诉讼法》168条 人民检察院审查案件的时候，必须查明：
(一)犯罪事实、情节是否清楚，证据是否确实、充分，犯罪性质和罪名的认定是否正确;
(二)有无遗漏罪行和其他应当追究刑事责任的人;
(三)是否属于不应追究刑事责任的;
(四)有无附带民事诉讼;
(五)侦查活动是否合法。
二、补充侦查的相关规定
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》(1996年3月17日修订)第一百四十条的规定：人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。 人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。 对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条 件的，可以作出不起诉的决定。
三、审查起诉阶段一般多长时间？
我国《刑事诉讼法》第一百三十八条规定：人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大复杂的案件，可以延长半个月。
人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。另外，《刑事诉讼法》第一百四十条规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
公安局是在立案并且全部都调查清楚了的情况下，才移送人民检察院审查起诉的，而人民检察院发现公安局立案有问题的话也不能不闻不问，这种侦查过程当中的重大错误是很不利于将来的审判工作的。所以说人民检察院的审查工作其实是很全面的。
延伸阅读：
什么情况下公安机关会同意撤回审查起诉
审查起诉阶段取保候审申请书
审查起诉告知书通知犯罪嫌疑人吗
