检察院存疑不起诉和无罪的区别是这样的存疑不起诉是证据缺乏，还有再次起诉的可能，而无罪不起诉就是没有犯罪行为，两者有本质区别。
不起诉并不一定意味着无罪，在刑法之相关规定里面不起诉存在三种情况：
1、法定不起诉：存在于下列六种情况：
(1)实施的行为情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的。
(2)犯罪已过追诉时效期限的。
(3)经特赫令免除刑罚的。
(4)依照刑法属于告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的。
(5)被告人死亡的。
(6)其它法律、法令规定免予刑事处罚的。在这种情况下是无罪的，也没有记录。
2、酌定不起诉：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这样并不意味着无罪，而只是犯罪情节轻微可以不追究刑事责任。
3、存疑不起诉：指没有足够证据证明犯罪成立的。在这种情况下一旦证据充足，检察机关还可以再次起诉，这种无罪是相对的，暂时的。
法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。 人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
第十六条规定的情形包括：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
不起诉与无罪，如果自己操作不当确实会出现问题，但是只要在有效的区间里进行维护，自己的利益就不会出现太多的分歧，不过具体问题的处置需要自己合理的应对，一旦问题的解决出现太多的不恰当部分，有关部门可以重新提请申诉，进而对当事人的问题进行重新的审判。
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