案情复杂所以补充侦查，是合法的。补充侦查指的是为案件的处理提供足够的证据资料，在原有侦查工作的基础上，对原有侦查工作的不足或薄弱部分重新进行侦查。中国刑事诉讼法规定，人民检察院审查案件，认为需要补充侦查的，可自行侦查，也可退回公安机关补充侦查。人民法院对提起公诉的案件，认为主要事实不清，证据不足的，可退回检察院补充侦查。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
二、法律依据
《人民检察院刑事诉讼规则》
第二百六十二条
对于公安机关移送审查起诉的案件，发现犯罪嫌疑人没有违法犯罪行为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关处理;发现犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关并建议公安机关重新侦查。如果犯罪嫌疑人已经被逮捕，应当撤销逮捕决定，通知公安机关立即释放。
第二百六十三条
审查起诉部门对于本院侦查部门移送审查起诉的案件，发现具有本规则第二百六十二条规定的情形之一的，应当退回本院侦查部门建议作出撤销案件的处理。
案情复杂的情况下，检察机关可能无法能公安机关提供的犯罪事实和犯罪证据进行认定，在这种情况下，检察机关有权要求公安机关就诉讼案件的相关情况补充侦查，在提供的相关证据成立的情况下，再进行审查起诉，这是符合法律规定的，公安机关也应当配合进行补充侦查。
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