《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款规定：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
此规定中包括两个条件：
(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。
(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。
人民检察院对此种情形下的犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，必须同时具备上述两个条件。
根据《人民检察院刑事诉讼规则(试行)》第四百零四条 具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件:
(一)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(二)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(三)据以定罪的证据之间、证据与案件事实之间的矛盾不能合理排除的;
(四)根据证据得出的结论具有其他可能性，不能排除合理怀疑的;
(五)根据证据认定案件事实不符合逻辑和经验法则，得出的结论明显不符合常理的。
检察院对案件进行审查后，在证据不足的情况下 作出不起诉决定的，依据具体的案件可以作出以下的处理：
1、如果是公安机关移送的案件，公安机关认为检察机关不起诉决定有错误的，是可以申请复议的，如果检察机关复议后仍然不起诉的，公安机关可以在收到复议决定书后，连同相关的材料向上级检察机关申请复核。
2、如果公安机关认同检察机关不起诉决定的，犯罪嫌疑人被公安机关采取强制措施的，公安机关应该立即解除刑事强制措施，释放在押的当事人。
3、公安机关收到不起诉决定后，公安机关认为要追究刑事责任的，是可以继续对案件进行侦查的，在收集到新证据的情况下，可以再将案件材料移送到检察机关，请求检察机关提起公诉。
通过上述的分析，检察机关在证据不足的情况下，是可以作出不起诉决定的，如果公安机关或者案件的被害人对不起诉决定不服的，是可以申请复议或者复核的，而公安机关可以进行补充的侦查。
关于证据不足的问题，在民事案件和刑事案件均可能存在。不过，由于案件的类型不同，实际对证据不足的处理方式也不一样。其中，如果是属于刑事案件，法院会认定证据不足，无罪释放。但要是属于民事案件，法院会驳回原告诉讼请求。
