《人民检察院刑事诉讼规则》第二百八十六条规定： 人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定。作出不起诉决定前应当根据案件情况在法律规定的范围内确定补充侦查的次数。具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
(一)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(二)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(三)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(四)根据证据得出的结论具有其他可能性的。
二、检察院作出证据不足不起诉决定，三个月后发现新证据，如何处理?
发现新证据，符合起诉条件可，可以重新起诉
根据《人民检察院刑事诉讼规则》第287条，人民检察院根据刑事诉讼法第一百四十条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉。
这里所谓的“刑事诉讼法第一百四十条第四款”，就是证据不足不起诉。
第一种:人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。退回补充侦查次数以两次为限，第一次退回补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定，也可以选择继续退回补充侦查。请注意，这里说的是可以;
第二种：对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
检察院对于公安机关或者内部自侦部门移送的刑事案件，如果发现证据并不充足，那么可以退回公安机关补充侦查，也可以是自己进行侦查。在第一次退回补充侦查之后，如果还是认为证据不足，不满足起诉条件的，那么经过检察委员会讨论之后，确实是可以做出不起诉的决定。不过此时需要以事实不清、证据不足出具不起诉决定书才行。
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