存疑不起诉玩忽职守会被判处有期徒刑，《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。
行政人员行政不作为玩忽职守会受到的处罚：宣布无效、撤销违法、重作行为、修正违法、履行职责、承认错误、赔礼道歉、恢复名誉、消除影响、返还权益、恢复原状、行政赔偿、被通报批评。行政人的职务行为应视为行政主体的行为。
存疑不起诉可以申请国家赔偿。存疑不起诉说明检察院是在案件事实不清，证据不足的情况下在才决定不起诉的，在这种情况下，之前被羁押的人员是无罪的，其当然可以请求国家赔偿。
《中华人民共和国国家赔偿法》第十五条 行使侦查、检察、审判、监狱管理职权的机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
(一)对没有犯罪事实或者没有事实证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的;
(二)对没有犯罪事实的人错误逮捕的;
(三)依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的;
(四)刑讯逼供或者以殴打等暴力行为或者唆使他人以殴打等暴力行为造成公民身体伤害或者死亡的;
(五)违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。
一是存疑不起诉。人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定。
具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
(1)、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(2)、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(3)、据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(4)、根据证据得出的结论具有其他可能性的。
二是绝对不起诉。人民检察院对于符合下列情形之一的案件，经检察长决定，应当作出不起诉决定。
(1)、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(2)、犯罪已过追诉时效期限的;
(3)、经特赦令免除刑罚的;
(4)、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(5)、犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(6)、其他法律规定免予追究刑事责任的。
三是相对不起诉。人民检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定。
对于普通的民事主体反映的某个司法机关的职员玩忽职守的案件，检察院在没有证据的前提之下并不会起诉，但是存疑之后不起诉并不能直接的就放任高案件不处理，否则受理该玩忽职守案件的司法职员，也会被认定为是渎职等，也会受到相应的处罚。
