存疑不起诉不会被开除公职，存疑的情形一般都是对于此案件的犯罪证据并没有掌握，故此不能判处该民事主体承担任何的处罚，我国对于此种情形的处理就是存疑即是没有，故此该犯罪行为人一般都会被无罪释放，并且不会被起诉。
检查机关经退回补充侦查后，仍然认为证据不足，而做出的不起诉决定。如果将来收集到足够的证据，检查机关仍然保留起诉的权力，但在那之前，根据“无罪推定”原则，当事人应被视为无罪，不会因此开除公职。但如果将来再度被起诉并判决有罪，会相应被开除公职。
检查机关经退回补充侦查后，仍然认为证据不足，而做出的不起诉决定。如果将来收集到足够的证据，检查机关仍然保留起诉的权力，但在那之前，根据“无罪推定”原则，当事人应被视为无罪，不会因此开除公职。但如果将来再度被起诉并判决有罪，会相应被开除公职。
二、检察院法定不起诉的几种情形
(1)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的
中国刑法把情节分为定罪的界限的定罪情节，根据《中华人民共和国刑法》第十三条来理解，如果某行为虽具有一定的社会危害性，但情节显著轻微危害不大的，不能认为是犯罪。既然不是犯罪，而是一般违法行为，人民检察院当然不能提起诉讼，作出起诉决定。
(2)犯罪已过追诉时效期限的
刑法规定犯罪已过追诉时效期限的不再追诉，主要是因为犯罪分子对社会已无危害，没有必要再对他追究刑事责任。中国《刑法》第76条、77条、对追诉时效有具体规定。犯罪已过追诉时效不予起诉，这是近代世界刑事诉讼法普遍适用的原则。
(3)经特赦令免除刑罚的
特赦是全国人大常委会根据中共中央或国务院的建议，经过审议决定，由最高人民法院和高级人民法院执行。在中国，凡是由全国人大常委会决定，对特定犯罪人免除刑罚的，公安机关不得立案侦查，检察机关也不得向人民法院提起诉讼。
(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的
中国告诉才处理的案件有四种，侮辱诽谤罪，暴力干涉婚姻自由罪、虐待罪和侵占。这些案件涉及的主要是公民个人的权益，如婚姻、名誉等，实质上是公民个人的私权，是否追究加害者的刑事责任由公民个人自行决定。对于这些案件，如果被害人及其他有告诉权的人不提出告诉，或者提出告诉后又撤回告诉的，人民检察院依法作不起诉处理。
(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的
犯罪嫌疑人、被告人死亡的，意味着失去了追究刑事责任的对象，追究其刑事责任已没有任何实际意义，故刑事诉讼活动没必要继续进行下去，因此，人民检察院应当作出不起诉决定，就此终止刑事诉讼。
(6)其他法律规定免予追究刑事责任的
对于检察院来说，为了避免发生起诉但是由于证据不足等的情形，一般都是确定没有疑惑之后才会起诉，对于犯罪证据不足的情形，一般都是使用存疑但是不起诉的规定。但若是司法机关日后起诉，其一定是会被开除公职的。
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