审查起诉阶段也可能会做出不起诉的决定，根据《刑事诉讼法》第171、173条的规定，人民检察院认为犯罪嫌疑人依法不应追究刑事责任的，应当作出不起诉的决定;
1、对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉的决定;
2、对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
3、人民检察院在审查起诉时。发现犯罪嫌疑人具有不应追究刑事责任的情形或无法追究，或者认定犯罪嫌疑人的罪行轻微，不需要判处刑法或可以免除刑法时，及时地做出不起诉决定，终止诉讼程序，不让案件再进入审判阶段，这样可以缩短诉讼时间，节约大量的人力和物力，从而减少诉讼成本，节约有限的司法资源，体现诉讼经济原则。
刑事诉讼法规定，人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。上述审查起诉期限，是指犯罪嫌疑人已被羁押而言，对于犯罪嫌疑人未被羁押的法律未规定审查起诉期限，但检察机关应抓紧时间进行审查，不得拖延时间。法律规定办案期限，主要是根据司法机关的办案水平和实际需要进行考虑的，既要保证司法机关有足够的时间审查案件，如检察院在审查案件过程中要讯问犯罪嫌疑人，询问证人、被害人，要对各种证据进行核查，有的还要进行技术鉴定，对证据不够充分的，检察院可以自行进行侦查，以保证做到准确、不出差错;同时又要防止办案时间过分延长，使案件久拖不决，不利于保障犯罪嫌疑人的合法权益。刑事诉讼法规定的上述检察院审查案件的时间基本上是符合我们国家的情况的。
《刑事诉讼法》168条 人民检察院审查案件的时候，必须查明：
(一)犯罪事实、情节是否清楚，证据是否确实、充分，犯罪性质和罪名的认定是否正确;
(二)有无遗漏罪行和其他应当追究刑事责任的人;
(三)是否属于不应追究刑事责任的;
(四)有无附带民事诉讼;
(五)侦查活动是否合法。
到目前为止，到了审查起诉阶段才作出不起诉的刑事案件是很少见的。但在明显不符合起诉条件的情况下，人民检察院不能不管不顾的直接提起诉讼。会不会起诉肯定不以受害人和犯罪嫌疑人的主观意志为转移，因为人民检察院做的每一种决定只需要对现有的证据负责。
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