1、赔偿义务机关不同。刑事赔偿的赔偿义务机关是行使侦查、检察、审判职权的各级公安机关、国家安全机关、人民检察院、人民法院、军队保卫部门，以及看守所、监狱管理机关及其工作人员;而行政赔偿的赔偿义务机关是各级行政机关及其工作人员。
2、赔偿的范围不同。刑事赔偿范围是基于行使刑事诉讼法规定的职权而产生的对公民、法人和其他组织的人身、财产损害赔偿，如错误的刑事拘留、错捕、错判、或者在刑事程序中违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施;而行政赔偿的范围则是基于各类具体行政行为而产生的人身、财产损害赔偿责任。
3、赔偿程序不同。刑事赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，逾期不予赔偿或赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可自期间届满之日起三十日内向其上一级机关申请复议;行政赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，也可以在申请行政赔偿复议和提起行政诉讼时一并提出，但不得经赔偿义务机关处理而直接提起诉讼。
所谓刑事赔偿请求人，即因行使侦查、检察、审判和监狱管理职权的机关及其工作人员在行使职权时违法侵害其人身权和财产权依照国家赔偿法的有关规定有权提起国家赔偿请求的人。包括自然人、法人和其他组织。
根据《国家赔偿法》18条的规定，主要包括：
⑴受害的公民、法人或者其他组织有权请求赔偿;
⑵受害的公民死亡，其继承人和其他有扶养关系的亲属有权要求赔偿;
⑶受害的法人或者其他组织终止，承受其权利的法人或者其他组织有权请求赔偿。
在刑事案件当中如果需要承担赔偿责任的话，很有可能是司法机关的这些工作人员侵犯到了当事人的人身自由，比如采取了逮捕措施以后有宣告无罪的，这时候被逮捕的当事人就可以向人民检察院申请赔偿。
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