1.两者发生的基础不同。
国家赔偿由国家机关及其工作人员的违法行为引起，以违法为前提;国家补偿由国家的合法行为引起，不以违法为前提。
2.两者性质不同。
国家补偿的根本属性在于国家对特定受害的公民法人或者其他组织损失的填补，旨在求得因公共利益而遭受特别损失的公民、法人或者其他组织提供补救，以体现其与普通公众间的利益平衡，并不意味着任何对国家的非难。这可以说是两者最主要的区别。
3.时间要求不同。
国家赔偿责任的前提条件是损害的实际发生，即先有损害，后有赔偿;而国家补偿即可以在损害发生之前进行，也可以在损害发生之后进行。
4.两者承担责任的方式不同。
国家赔偿责任以金钱赔偿为原则，以恢复原状，返还财产等方式为辅;国家补偿责任多为支付一定数额的金钱。
5.工作人员的责任不同。
国家赔偿制度中有追偿制度。在国家赔偿了受害人的损失以后要向有故意或重大过失的作出违法行为的国家机关工作人员追偿，但是国家补偿制度中没有追偿制度。
