销售假药罪司法程序是首先是需要由公安机关对此进行立案侦查，之后就是检察机关审查起诉，最后就是法院的判决阶段。生产、销售的假药具有下列情形之一的，应当立案：
(一)含有超标准的有毒有害物质的;
(二)不含所标明的有效成份，可能贻误诊治的;
(三)标明的适应症或者功能主治超出规定范围，可能造成贻误诊治的;
(四)缺乏所标明的急救必需的有效成份的。
划清生产、销售假药罪与生产、销售伪劣商品类犯罪中其他罪的界限对于同时构成生产、销售假药罪和生产、销售伪劣产品罪的，根据《刑法》第149条第2款规定的精神，应按处罚较重的生产、销售假药罪定罪处罚。
这符合前述法条竞合的适用原则。生产、销售假药罪与生产、销售劣药罪的区别界限：犯罪对象不同：一个是假药，一个是劣药。犯罪形态不同：生产、销售假药罪是行为犯，而生产、销售劣药罪是实害犯，即对人体健康造成严重危害的方构成犯罪。划清生产、销售假药罪与一般违法行为的界限。构成生产、销售假药罪的关键是生产、销售假药的行为是否足以产生严重危害人体健康的结果。实践中对足以严重危害人体健康的判断，一般来说应依赖于对假药这种物质和他人使用假药的可能性的事实判断。
例如对假药的成分、性质、效用的医学鉴定以及对他人使用假药的可能性的推断。对于虽属假药，但对人体健康不一定产生严重危害的情况，需进行具体鉴定，若药品本身不危害人体健康的，当然不能认定为构成本罪;若药品本身可能会对人体健康产生严重危害的，当然应认定为生产、销售假药罪。
生产销售假药这种行为一旦被普通公民发现，那么就应当及时的向公安机关来进行投诉，举报，公安机关会对于这种情况进行立案调查，然后搜集尽可能多的证据之后，就可以送给检察机关来决定是否对此审查起诉。
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