1、两者主观故意的内容不同。
贪污罪的主观故意是非法占有公共财物，不准备归还;而挪用公款罪的主观故意是暂时占有并使用公款，打算以后予以归还。行为人主观上是否具有非法占有公款的故意和目的是这两个罪名最重要的区别。而根据相关司法解释，“不归还”既包括主观上不想还，也包括客观上无力退还。如果行为人挪用公款以后由于客观原因缺乏偿还能力，无法归还亦被认定为非法占有公共财物，不准备归还，以贪污罪论处。
2、两者的行为方式不同。
贪污罪在客观上表现为使用侵吞、盗窃、骗取等方法将公共财物占为己有，由于行为人往往采取销毁、涂改、伪造单据、账目等手段，故在现实生活中难以发现公共财物已经被非法侵吞;而挪用公款罪的行为表现为擅自决定动用本单位公款，虽然有时也采取一些欺骗手段，但一般不采用侵吞、盗窃、骗取手段。
《关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》
第一条 贪污或者受贿数额在三万元以上不满二十万元的,应当认定为刑法第三百八十三条第一款规定的“数额较大”,依法判处三年以下有期徒刑或者拘役,并处罚金。 贪污数额在一万元以上不满三万元,具有下列情形之一的,应当认定为刑法第三百八十三条第一款规定的“其他较重情节”,依法判处三年以下有期徒刑或者拘役,并处罚金：
(一)贪污救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济、防疫、社会捐助等特定款物的;
(三)曾因故意犯罪受过刑事追究的;
(四)赃款赃物用于非法活动的;
(五)拒不交待赃款赃物去向或者拒不配合追缴工作,致使无法追缴的;
(六)造成恶劣影响或者其他严重后果的。 第五条,挪用公款归个人使用,进行非法活动,数额在三万元以上的,应当依照刑法第三百八十四条的规定以挪用公款罪追究刑事责任;数额在三百万元以上的,应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“数额巨大”。具有下列情形之一的,应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“情节严重”：
(二)挪用救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济特定款物,数额在五十万元以上不满一百万元的;
(四)其他严重的情节。 第六条,挪用公款归个人使用,进行营利活动或者超过三个月未还,数额在五万元以上的,应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“数额较大”;数额在五百万元以上的,应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“数额巨大”。具有下列情形之一的,应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“情节严重”：
(二)挪用救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济特定款物,数额在一百万元以上不满二百万元的;
(四)其他严重的情节。
贪污罪是指国家工作人员利用职务的方便，盗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。挪用公款罪是指国家工作人员，利用职务上的便利，挪用公款归自己所使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过3个月未还的行为。区别在于两者主观故意的内容不同和两者的行为方式不同。
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