为亲友非法牟利罪的立案侦查部门目前尚无明确规定，在司法实践中是有公安机关立案侦查的。
为亲友非法牟利罪的犯罪主体为国有公司、企业、事业单位的工作人员，客观方面要求“利用职务便利”，属国家机关工作人员利用职务之便实施的职务犯罪案件，但在案件管辖上却由公安机关管辖，造成了刑事立法与刑事司法管辖的直接冲突。
国有公司、企业、事业单位的工作人员，利用职务便利，为亲友非法牟利，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：
1、造成国家直接经济损失数额在10万元以上的;
2、使其亲友非法获利数额在20万元以上的;
3、致使有关单位破产，停产、停业6个月以上或者被吊销许可证和营业执照、责令关闭、撤销、解散的;
4、其他致使国家利益遭受重大损失的情形。
(一)将本单位的盈利业务交由自己的亲友进行经营的;
(二)以明显高于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位采购商品或者以明显低于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位销售商品的;
(三)向自己的亲友经营管理的单位采购不合格商品的。
(一) 有证据证明有犯罪事实;
(二) 可能判处徒刑以上刑罚;
(三) 采取取保候审、监视居住等方法，尚不足以防止发生社会危险性，而有逮捕必要。
(一)物证;
(二)书证;
(三)证人证言;
(四)被害人陈述;
(五)犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解;
(六)鉴定意见;
(七)勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录;
(八)视听资料、电子数据。
在司法实践中，国家公务员实施的一些职务犯罪只有检察院立案侦查的，虽然国有公司及国企事业单位工作人员也是国家工作人员，但从法律性质上来讲不是国家公务员，所以从这一方面来分析的话，该罪并不适合直接由检察院立案侦查。
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