1、犯本罪的，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处2万元以上20万元以下罚金;情节严重的，处5年以上l0年以下有期徒刑，并处5万元以上50 万元以下罚金。所谓情节严重，是指诈骗数额巨大或者具有其他严重情节。所谓数额巨大，根据有关司法解释的规定，是指个人诈骗数额达5万元以上，单位诈骗金额达30万元以上。至于其他严重情节，一般是指进行金融凭证诈骗集团的首要分子;多次进行金融凭证诈骗、恶习不改的;因其诈骗造成受害人巨大经济损失的;金融凭证诈骗款项用于其他违法犯罪活动的;等等。
2、犯本罪，情节特别严重的，处l0年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金或者没收财产。所谓情节特别严重，是指诈骗数额特别自大或者具有其他特别严重情节。个人诈骗数额达到10元以上，单位诈骗达到l00万元以上的，根据有关司法解释的规定，即可认定为数额特别巨大。至于其他特别严重情节，主要是指以金融凭证诈骗为常业的，因其诈骗造成他人特别巨大经济损失的，属于惯犯、累犯或多次作案的，具有多个严重情节的，等等。
3、犯本罪，数额特别巨大并且给国家和人民利益造成特别重大损失的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。
1、本罪与诈骗罪的界限
本罪与诈骗罪，两者之间存在着法条竞合关系。行为人以金融凭证进行诈骗属于诈骗罪的一种表现形式，前者即本罪为特别法条，后者即诈骗罪为一般法条。根据法条竞合适用的原则，除有特别规定的除外，应依特别法条在这里即为本罪定罪量刑。
2、本罪与伪造、变造金融票证罪的界限
行为人伪造或变造委托收款凭证、汇款凭证、银行存单等其他银行结算凭证又用之骗取财物的、属于手段牵连行为，根据牵连犯的处理原则应择一重罪进行处罚。
利用金融凭证实施诈骗，企图通过这样的方式让自己非法获利的，在达到了规定的数额或者符合情节要求的时候，那么才会被认定构成金融凭证诈骗罪。本罪与诈骗罪之间属于法条竞合的关系，一般来说除非有特殊的规定，不然就应该认定为金融凭证诈骗罪，毕竟这属于特别法条。
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