借款合同无效，抵押不生效。担保合同是主合同的从合同，主合同无效，担保合同无效。担保合同另有约定的，按照约定。担保合同被确认无效后，债务人、担保人、债权人有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。
主合同不以他种合同的存在为前提，是不受其它合同制约而能独立存在的合同。
借款部分有效，但合同中有关房屋抵押条款因没有办理登记而导致无效。当事人以财产抵押的，应当办理抵押物登记，抵押合同自登记之日起生效。办理抵押物登记，应当向登记部门提供下列文件或者其复印件：主合同和抵押合同抵押物的所有权或者使用权证书，将主合同和抵押合同合并签署并不影响主合同即借款合同的效力，因此，借款部分有效，以此明确双方存在借贷关系，但合同中有关房屋抵押条款因没有办理登记而导致无效，即抵押行为无效。
以依法取得的国有土地上的房屋抵押的，该房屋占用范围内的国有土地使用权同时抵押。以出让方式取得的国有土地使用权抵押的，应当将抵押时该国有土地上的房屋同时抵押。乡(镇)、村企业的土地使用权不得单独抵押。以乡(镇)、村企业的厂房等建筑物抵押的，其占用范围内的土地使用权同时抵押。
二、房产抵押的登记机关是哪？
办理抵押物登记的部门如下：
1、以无地上定着物的土地使用权抵押的，为核发土地使用权证书的土地管理部门;
2、以城市房地产或者乡(镇)、村企业的厂房等建筑物抵押的，为县级以上地方人民政府规定的部门;
3、以林木抵押的，为县级以上林木主管部门;
4、以航空器、船舶、车辆抵押的，为运输工具的登记部门;
5、以企业的设备和其他动产抵押的，为财产所在地的工商行政管理部门。
未登记的房产抵押借款合同借款部分是有效的，但是抵押部分没登记导致无效。现在民间的借贷情况依然是比较多的，在借贷时为了避免意外保障自己的款项能够按时归还，一般在签订借款合同时，会要求借款人提供抵押物并在合同中写明了，以保护自己的权益。
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