1、只要不违反法律的禁止性和限制性规定，且充分尊重当事人双方的意思自治，协议内容合法有效的话，补充协议与主合同的效力是同等的。
2、在补充协议与主合同发生冲突时，视为对主合同的变更或撤消，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。
3、双方需要在补充协议中明确补充原合同的效力范围，明确补充主合同是在原来的范围之内生效还是有所变动、如何变动等。
4、补充协议是以主合同的成立和有效为前提的，如果欠缺主合同成立的必备条件和必要条款，或者主合同被确认无效或者被撤销，就没有签订补充协议的必要了。
二、补充协议要满足的生效要件
1、当事人订立合同，采取要约、承诺方式。
2、承诺生效时合同成立。
3、依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。
补充协议是对原合同未尽事宜，或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。与合同的变更协议不同，但实务中订立的以“补充协议”为名的协议，其实质内容却常是合同的补充并有变更。
3、严格防止与原合同发生内容矛盾。
