双方确认合同无效后，法院是不会判决合同有效的，因为双方已经作出了无效合同的认定。确定合同无效的条件有：
1、订立合同内容不合法，表现为：违反法律、行政法规的强制性规定的合同，无效;违反社会公共利益的合同，无效;恶意串通，损害国家、集体或三人利益的合同，无效;以合法形掩盖非法目的合同，无效;无处分权的人处分他人财产的合同，无效。但有两例外：事后经权利人追认的，有效;事后取得处分权的，有效。
2、意思表示不真实，即意思表示有瑕疵，如：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益的，无效。
3、订立合同主体不合格，表现为：无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立合同且法定代理人不予追认的，该合同无效，但有例外：纯获利益的合同和与其年龄、智力、精神健康状况相适应而订立的合同，不需追认，合同有效;代理人不合格且相对人有过失而成立的合同，该合同无效;法人和其他组织的法定代表人、负责人超越权限订立的合同，且相对人知道或应当知道其超越权限的，该合同无效。
第一，二者产生的原因不同。可变更、可撤销合同产生的原因主要有重大误解、显失公平及乘人之危、欺诈胁迫且不危害国家利益;而无效合同产生的原因主要有以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益、违反法律强制性规定等。
第二，认定程序的启动不同。可变更、可撤销合同中，是撤销权人决定是否变更、撤销合同，其他机关、团体、个人都无权干预;而无效合同中，人民法院和仲裁机关有主动干预权。
第三，可变更、可撤销合同并非当然无效，其在未被撤销前是有效的;而无效合同是当然无效、自始无效，且不能变更。
第四，对于可变更、可撤销合同，撤销权人行使撤销权必须符合法律规定的期限，超过行使期限，合同有效，不得行使撤销权;而无效合同，不存在期限的限制。
合同是否有效是需要由双方当事人来进行认定的，所以双方当事人达成的一致意见，是法律认定的前提，即使一方对合同的履行有异议，并提出起诉的情况下，后期如果双方协商达成一致意见的，也是可以达成和解处理的。
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