主合同与补充协议矛盾处理应当是按照补充协议的内容为准，补充协议名为“补充”实际也是协议，一般情况下，只要与主合同不冲突补充协议可以作为主合同的补充，应当有效;当主合同与补充合同产生冲突时，只要主合同中没有“不允许补充协议对主合同修改”的限制条款，一般应以补充合同为准。
二、合同生效的效力体现在哪些方面?
一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
第三人实施欺诈行为，使一方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，对方知道或者应当知道该欺诈行为的，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
是指已经依法成立的合同在当事人之间产生一定的法律约束力，亦即法律效力。合同生效意味着双方当事人享有合同中约定的权利和承担合同中约定的应当履行的义务;任何一方不得擅自变更和解除合同;一旦当事人一方不履行合同规定的义务，另一方当事人可寻求法律保护;合同生效后，对合同当事人之外的第三人也具有法律约束力，第三人(包括单位、个人)均不得对合同当事人进行非法干涉，合同当事人对妨碍合同履行的第三人可以请求法院排除妨害;合同生效后，合同条款成为处理合同纠纷的重要依据。合同成立是合同生效的前提条件，合同生效是当事人双方订立合同实现预期目标必然要追求的结果。
我们国家签订合同完毕之后，如果对于一些具体的事项想要做出更加明确的规定的话，都是通过补充协议的方式来完成的，如果补充协议和主合同的内容存在着矛盾冲突。在法律效力上面应当是以补充协议为准。
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