首先，三方协议是由学校见证，毕业生与用人单位签订的一份意向性协议，它具有法律效力，但不能替代劳动合同。从法律性质上讲，“三方协议”是民法、合同法上的“预约”，原则上适用我国民法和合同法，不受《劳动合同法》等法律约束。当然，三方协议的签订过程中也不能违反我国劳动法律、法规和相关就业政策，如果出现违约情况，将按照民法相应条款追究其违约责任。
其次，三方协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收毕业生后自行终止，然后单位会与毕业生签订正式的劳动合同。劳动合同一经签订，就业协议的效力就会丧失;如果劳动合同与三方协议内容矛盾，则以劳动合同为准。
三方协议不仅是国家统计大学生就业率的一个根据，同时也是国家发放派遣证的一个证明。只有签署了三方协议，学校才会在学生毕业后发放派遣证，毕业生持派遣证到单位报到后，就此开始计算工龄，并且拥有干部身份。
