首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权;如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院肯定有管辖权。如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权。
如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地法院管辖。
根据我国《民事诉讼法》第二十七条规定：“因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。”上述3个地方各人民法院对这类运输合同纠纷都有管辖权，当事人到任何一个法院起诉都可以。有管辖权的人民法院不得无故推托，应当依法受理。对两个以上有管辖权的人民法院，当事人只能选择其中一个法院起诉，由最先受理的人民法院审理。
《民法典》第八百零九条 【运输合同定义】运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。
于运输合同产生的纠纷问题的话，要确定管辖法院，那么这种情况应当是由运是始发地和目的地，以及被告所在地的人民法院进行管辖的，而且法院是不得无故推脱的。
二、处理运输合同纠纷的基本原则
1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖;
2、如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖;
3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这处情况下，可以由当事人选择法院管辖。
三、运输合同纠纷诉讼主体资格
1、承运人、托运人均可成为适格原、被告;
2、两个以上承运人以同一运输方式联运的情况下，托运人起诉与其签订合同的承运人的，应将损失发生区段的承运人列为共同被告;
3、托运人的过错造成多式联运经营人损失的，即使托运人已经转让多式联运单据，适格被告仍应为托运人而非受让人;
4、收货人是合同的利害关系人，可列为案件第三人。
运输合同也是我们生活中常见的合同之一，我们在签订货物运输以及其他运输的合同时，应当注意相关的法律规定，并且要注意合同条款的规定，在产生纠纷时要用法律武器来维护自身的合法权益。
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