工程合同和技术合同的区别主要有对象不同、类型不同以及范围不同。工程合同一般是工程项目的建设情况签订的协议，而技术合同的标的与技术有密切联系，不同类型的技术合同有不同的技术内容。技术转让合同的标的是特定的技术成果，技术服务与技术咨询合同的标的是特定的技术行为，技术开发合同的标的兼具技术成果与技术行为的内容。技术合同必须备案，签订技术合同的双方当事人都是需要备案的。具体流程是：
(一) 卖方用户注册
买方凭真实、有效证件到登记机构注册或自行注册。首次申请认定登记的卖方，需在广东省科技业务综合管理系统注册、上传法人证书、营业执照、企业信息表并选择技术合同认定登记点进行申报。
(二) 网上申报登记
卖方根据技术合同内容，在“广东省科技业务综合管理系统”技术合同登记业务系统，凭用户名和密码登录后填“登记申请书”并提交，也可以有选择的技术合同认定登记机构进行登记。
(三) 报送合同文本
卖方按申报材料要求，将技术合同和其他附件材料报送选定的技术合同登记机构审核。注:设计专利技术合同的，直接向国家知识产权局专利局广州代表处申请认定登记。
(四) 审核登记
登记员查阅卖方网上“登记申请书”并根据卖方送审合同文本材料进行审核、认定登记、盖章，出具认定登记证明。(由市级登记机构初审核盖章，并送审计科技部门审核盖章)
(五) 卖方办理减免税
卖方凭核定后的技术合同认定登记证明，到企业所在税务部门办理免税或退税手续(保税办理程序见手册)
(一)符合技术开发(委托开发、合作开发)合同，技术转让(专利申请权、专利权、专利实施许可、技术秘密)合同，可享受技术交易额免征5%营业税。
(二)符合技术转让所得免征、减征企业所得税;在一个纳税年度内不超过500万元的部分，免征企业所得税;超过500万元的部分减半征收企业所得税。
(三)与技术转让、技术开发相关的技术咨询，技术服务业务，转让方根据技术开发合同的规定，为帮助受托方(委托方)掌握所转让(或委托开发)的技术而提供技术咨询、技术服务，切这部分技术咨询、技术服务的价款与技术转让(或开发)的价款是开在同一张发票上的，可享受免征5%营业税。
(一) 卖方主体证明材料:法人证书(副本)或本人身份证(外籍人士可用护照)。
(二) 生效合同的正本文本及全部附件，(原件和复印件各一式一份)签字盖章完整有效，字迹清楚。使用科技部印制的示范合同文本，贴好印花税。
(三) 财务预算清单(费用清单)核定技术收入。
(四) 涉外合同登记提供合同的文本(外文合同需翻译成中文并于外文原文合同同时附上)、外经贸部门技术进口合同登记证书、技术进口合同数据表、委托书、双方营业执照(复印件)。
1、合同原件、复印件各一份;
2、合同登记申请书、信息表;
3、委托经办人授权书原件;
4、经办人身份证复印件;
5、合同金额发票复印件;
6、相关证明。
在当代的社会，现在如果关于建设工程方面有一些意见的话，是可以和双方当事人来协商最终的完成工程合同的签订，但是这是属于建设工程方面类型的合同，是和技术合同是不同的，这是两种不同类型的合同。
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