1、立法精神不同。除斥期间制度的目的，是为维持已经存在的法律关系。而诉讼时效制度的目的，却是维护与原法律关系相对立的新的社会关系。
2、适用客体不同。除斥期间的客体一般为形成权。但并非所有的形成权民法都设定除斥期间。诉讼时效的客体为请求权，但也不是一切请求权均应适用诉讼时效。
3、期间性质不同。除斥期间规定权利存续的固定时间属不变期间，除法律有特殊规定者外，不能中止、中断和延长，且期间较短，以早日确定当事人间的关系为目的。诉讼时效为可变期间，可以适用中止、中断和延长的规定，且期间较长。
4、期间计算不同。因为诉讼时效适用于请求权，而请求权的范围十分广泛且具有共同特征，因此，各国民法均在法律上作出了总括性的规定。
而除斥期间是在不同的场合对不同的形成权设置的时间限制，因此缺乏共通的基础，立法只能针对具体情况分别规定除斥期间的起算点，这种起算时间往往存在差异。在法律未规定或当事人未约定除斥期间的起算点的情况下，一般来说，应自权利发生之日起算。
5、法律效力不同。除斥期间届满，实体权利本身当然消灭。而诉讼时效的效力，尽管各国民事立法的规定有所不同，但大多数国家采用诉权消灭主义或抗辩权发生主义。
二、除斥期间的法律特征有哪些?
除斥期间具有如下特点：
1、除斥期间一般是不变期间，不因任何事由而中止、中断或者延长。
2、除斥期间消灭的是权利人享有的实体民事权利本身，如追认权、撤销权、解除权等。
3、除斥期间规定的是权利人行使某项权利的期限，以权利人不行使该实体民事权利作为适用依据。
4、除斥期间是自相应的实体权利成立之时起算。
三、民事纠纷的诉讼时效是多久?
民事纠纷的诉讼时效是3年。
《中华人民共和国民法典》
第一百八十八条 【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百八十九条 【分期履行债务的诉讼时效】当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
由上文可知，诉讼时效跟除斥期间是两回事，大多数民事纠纷都有诉讼时效，如果在规定的诉讼时效内没有依法维护本人合法权益，当事人失去的是胜诉权，但是除斥期间并不适用于所有的民事纠纷，除斥期间的适用范围是法定的。
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