1.介入权和选择权的主体和性质不同：
隐名代理行使介入权的主体是委托人，受托人以自己的名义与第三人订立合同时，第三人不知道受托人与委托人之间的代理关系的，受托人因第三人的原因对委托人不履行义务，受托人应向委托人披露第三人，委托人因此可以行使委托人对第三人的权利。而行纪合同介入权的主体是行纪人，行纪人卖出或买入具有市场订价的商品，除委托人有相反的意思表示之外，行经人自己可以作为买受人或出卖人。
2.对于合同不能履行所导致的权利义务主体不同;
行纪人与第三人订立合同的，行纪人对该合同直接享有权利，承担义务。因此，行纪合同是由行纪人独立对委托人和第三人承担责任。而隐名代理它仍然是一种代理关系，代理人的代理行为所导致的法律后果依法应由被代理人承担。
3.物权流转关系反映的所有权主体不一样;
由于隐名代理仍是一种代理，在代理过程中不发生物的所有权因物的流转而发生转移至代理人的情形。而行纪合同中当物流转至行纪人手中时，物的所有权因物的转移而转移。当物流转至受托时受托人正值破产，此时委托人与受托人是行纪合同关系还是隐名代理合同关系对物是否纳入破产财产的处理有决定性的意义，此时对委托人和第三人的利益有重大影响。
5.隐名代理存在委托人只对代理人单方授权的情形，而行纪合同必须是成立了委托合同。
(1)适用范围不同。委托合同的适用范围非常广泛，各类法律主体之间均可以发生委托合同关系，而行纪合同只适用于行纪人所从事的特定行业营业范围以内。
(2)受托人的法律地位不同。委托合同的受托人是以委托人的名义办理委托事务的，委托人直接与第三人之间产生权利义务关系;而行纪合同中的行纪人则是以其自身的名义办理行纪事务，委托人与第三人不直接产生法律关系。
(3)受托人的活动方式不同。委托合同的受托人必须在委托人的委托权限内进行工作。必要时也可独立为意思表示，但始终受制于委托人的意志;而行纪合同中的行纪人，有权以自己的名义与第三人签订合同，而且在必要时有权介入交易活动，以实现委托人的交易要求。
(4)有偿性不同。行纪合同必然是有偿的，而委托合同则可以是有偿的，也可以是无偿的，视当事人双方的意思而定。
行纪合同和隐名代理合同的有偿性不同，行纪合同和委托合同的适用范围不同，委托合同的适用范围更广泛;这两种合同中受托人的法律地位不同，受托人的活动方式不同，合同的性质也有所不同，行纪合同一定是有偿的，但委托合同却不一定。
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