一、工程合同纠纷怎么处理？
1、建设工程合同纠纷处理过程中，不轻易打官司;在合同履行中，要及时签证及保存相关证据。
上述案例乙方承包方曾咨询过律师，对于有哪些好的创业项目。但该案律师没有掌握应有的证据而贸然起诉，结果出现上述情况。因此，在纠纷处理中，起诉不一定是最好的选择，应该综观全局做判断。专业的法律人士更应当从多方面、多角度考虑诉讼可能带来的后果，以更客观的角度提出解决方案供建筑公司管理者参考。
2、建筑工程纠纷发生时，应学会最大程度地保护企业利益，防患于未然。
上述案件中，乙方承包方缺乏完善的管理制度，在塌方及其他可能造成工程延期竣工事件发生时，竟然丝毫无使用签证制度的意识;导致纠纷发生时，无证据来支撑自己。
乙方承包方事前既未采取签证管理等控制措施，也未在诉讼阶段中完善好相关证据，最后只能由自己承担赔偿巨额违约金的责任。
3、纠纷处理方法的多样化。诉讼方式以外，其实，你看创业项目。纠纷处理的方法还有：口头、书面、律师函、诉前调解等四种。这五种处理方式不一定是渐进式的，而是在处理过程中交互使用，才能达到最好效果。
每一种处理方式各有利弊。口头方式最为便利，使用得最频繁，但在证据效力上却最薄弱，一般不推荐使用。
书面方式是最佳方式，特别是在建设工程纠纷过程中，应该及时签证，或使用索赔文件或其他书面函件以保存证据，书面的文件保存完整在诉讼过程中也较能形成证据链。尤其要注意电子邮件、传真等书面文件的使用，一旦发生纠纷，它们可以作为证据，但要注意保存好电子邮件、传真接收、发送文件时的证据。
二、建设工程合同纠纷诉讼时效如何确定？
《民法通则》第一百三十七条规定“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”。《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》(法释〔2008〕11号)第五条规定“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算”。
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第18条规定“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间:
(一)建设工程已实际交付的，为交付之日;
(二)建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日;
(三)建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。”
《民法通则》第一百三十七条规定:诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。相对人从违约行为发生之日起就可以知道或应当知道权利被侵害，此时起计算时效，方便且符合民法通则的规定。如果同一债务分期履行的，按照《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》(法释〔2008〕11号)规定确定诉讼时效的起算点。第五条规定“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算”。
