公司股权合作合同的违约金比例最高是主合同标的额百分之二十。法律对于违约金的最高限度并没有明确的规定，最高人民法院关于适用《中华人民共和国担保法》若干问题的解释第一百二十一条规定“当事人约定的定金数额超过主合同标的额百分之二十的，超过的部分，人民法院不予支持。违约金过高的比较标准为守约方的实际损失，如上所述，实际损失包括直接损失和履行利益损失。
二、具体内容
1、依不同标准，违约金可分为：
(2)惩罚性违约金和补偿性(赔偿性)违约金。合同法施行之前，中国的违约金制度兼容以上各种形态，合同法则做了全新的规定。
(2)是一方违约时向对方支付的一定数额的金钱(定额损害赔偿金);
(3)是对承担赔偿责任的一种约定(不同于一般合同义务)。
根据法律规定,合同当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
有关违约金的最高比例在相关的法律中有明确的规定，需要注意的是，法律上只规定了违约金比例的最高标准。而合同上实际所协调的违约金标准为协议双方一致达成的结果，如果实际达成一致的违约金标准高于法律上规定的最高标准，那么在法律上是不承认实际违约金比例的。
延伸阅读：
延期交房违约金过低怎么办？
汽车运输损害赔偿违约金有哪些规定
