一、工程结算未扣延期违约金的不利条件有吗？
肯定是有的；
当事人在适用《建设工程示范文本》时，对通用第35条违约条款具体处理时，没有按要求在专用条款中对逾期竣工的违约金做具体约定，造成合同对逾期竣工的违约责任约定不明确。对此种情况的处理，应当适用相关法律的规定。第七章违约责任对此有一系列相应规定。《司法解释》第8条发包人的解除权对承包人逾期竣工的违约责任规定可以解除合同，第10条解除合同后的处理原则规定建设工程施工合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款;已经完成的建设工程质量不合格的，参照本解释第三条规定处理。因一方违约导致合同解除的，违约方应当赔偿因此而给对方造成的损失。只是损失计算的标准实践较难掌握，处理时可以由当事人自行举证证明损失的大小，也可以要求按利息计算。《司法解释》第18条规定了三种具体的处理利息起算标准，分别是(1)建设工程已实际交付的，为交付之日;(2)建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日;(3)建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。我认为针对这一问题，按《司法解释》第18条规定处理较具有操作性。
二、违约金的类型
1、法定违约金
由法律直接规定的违约金为法定违约金。法定违约金是在一些法规(如《工矿产品购销合同条例》、《农副产品购销合同条例》等)中，明文规定的违约金比例。合同对违约金作了原则性规定，且有关条例规定了违约金比例，适用法定违约金。在此情况下，由于合同的内容、违约的性质、程度的不同，确定违约金的方法与数额也有所不同。
(1)有关条例明确规定了违约金比例的，即可按该比例直接计算出违约金的数额。如《工矿产品购销合同条例》第35条第5项规定，逾期交货的，应比照中国人民银行有关延期付款的规定，按逾期交货总值计算，向需方偿付逾期交货的违约金。这里明确规定了延期交货的违约金比例为每日万分之三。再如，《加工承揽合同条例》第21条第4项规定，逾期交付定作物，应当按照合同规定，向定作方偿付违约金。以酬金计算的，每逾期一天，按逾期交付部分的酬金总额的千分之一偿付违约金。由此可见，延期履行合同的法定违约金的计算标准是固定的。各种滞期费、滞纳金等适用如上规定。
(2)有关法规只规定了违约金一定比例范围。这需要通过受理案件的人民法院或合同仲裁机关确定一定的比率，才能计算出违约金的数额。如《工矿产品购销合同条例》第35条第1项规定，供方不能交货的，应向需方偿付违约金。通用产品的违约金为不能交货部分货款总值的百分之一至百分之五。一般来讲，不履行或不完全履行合同的法定违约金为一定的比例范围。
2、约定违约金
违约金是由当事人约定的，为约定违约金。约定违约金是一种合同关系，称违约金合同。这种合同属从合同。主合同无效，违约金合同无效。违约金合同是诺成合同，与定金合同不同，不以预先给付为成立要件。约定违约金又是一种附条件合同，通常，违约行为发生，违约金合同生效;违约行为不发生，违约金合同不生效。
违约的种类繁多，违约金合同则有概括性和具体性之分。概括性违约金合同，指当事人对违约行为不做具体区分，概括约定凡违约即支付违约金。具体性违约金合同，指当事人针对不同的违约行为所约定的违约金，如约定根本违约违约金、债务不履行违约金、债务部分履行违约金、债务迟延履行违约金。惩罚性与赔偿性违约金
惩罚性违约金。惩罚性违约金，是固有意义上的违约金，又称违约罚。此种违约金于违约时，债务人除须支付违约金外，其他因债之关系所应负的一切责任，均不因之而受影响。债权人除得请求违约金外，还可以请求债务履行或者不履行所生之损害赔偿。
赔偿性违约金。赔偿性违约金，是当事人双方预先估计的损害赔偿总额，又叫做损害赔偿额的预定。由于债权人于对方违约而请求损害赔偿时，须证明损害及因果关系。而此类举证，不但困难，且易产生纠纷，因而当事人为避免上述困难及纠纷，预先约定损害赔偿数额或者其计算方法，不失为良策，一方面可以激励债务人履行债务，另一方面，如发生违约，则其责任承担简单明了。此种损害赔偿的预定，也是一种违约金。此种违约金，如相当于履行之替代，则请求此种违约金之后，便不能够再请求债务履行或者不履行的损害赔偿。
我国《合同法》第114条规定的违约金，属于赔偿性违约金。如此解释，并不等于否定惩罚性违约金在我国法上的地位。由于《合同法》奉行自愿原则(第4条)，当事人仍然可以明确约定惩罚性违约金，只要此种条款不违反法律的强制性规定，便仍然有效。当然，如果当事人的约定不明确，原则上推定为赔偿性违约金。
赔偿性违约金作为赔偿损失额的预定，虽然不要求其数额与损失额完全一致，但也不宜使两者相差悬殊，否则，会使违约金责任与赔偿损失的一致性减弱乃至丧失，而使两者的差别性较大，以致成为完全不同的东西。因此，违约金的数额过高或者过低时允许调整是适宜的。在这，违约金的数额与损失额应大体一致，这是商品交换的等价原则的要求在法律责任上的反映，是合同正义的内容之一，是合同法追求的理想之一。既然如此，违约金的数额过高或者过低时予以调整，就其根据。
(1)违约金高低的比较标准。《合同法》第114条所规定的比较标准，是因违约“造成的损失”。
(2)违约金的增加。赔偿性违约金既属损害赔偿额的预订，理应是在充分估计因违约所会造成的实际损失的基础上确定的。如果违约金低于因违约造成的实际损失，该违约金在实际效果上就相当于限责条款。
