合同抬头是总公司但是由分公司盖章的这种行为一般情况下是不合法的，因为分公司在某种程度上是无权代表总公司签合同的，如果抬头是总公司的话，那么在尾部也应该直接加盖总公司的公章。尽管总公司和分公司在法律上是一体的，但签合同最好不要这么随意。
《民法典》(自2021年1月1日起施行)
第四百九十条 当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
二、签订合同时有哪些注意事项?
有些公司使用合同统一文本，这本是好事，但由于对合同性质了解不细，会出现张冠李戴的事情。例如本是加工承揽合同，却使用买卖合同文本，为合同以后的履行和适用法律条款增添了争议。
2、注意列明每项商品的单价
有些公司在买卖合同中，标的是多类商品，但却只在合同中明确各类商品的总价款，而不确定具体每种商品的单价，一旦合同部分履行后发生争议，就难以确定尚未履行的部分商品的价款。
3、在合同中明确违约金和赔偿金计算方法
法律虽然规定一方违约，另一方可以向其追索违约金或赔偿金，但如果合同中没有明确数额或计算方法，法院就会视为双方当时放弃违约金权利，而不予支持。增加赔偿实际损失的举证难度。
4、确定管辖法院
合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地法院管辖，但不得违反对级别管辖和专属管辖的规定。如果直接约定有难度，也可以约定：“如发生争议，双方均可向各自经营所在地法院提起诉讼。”
5、注意用词严谨
例如合同中常见的约定：“合同在双方签字盖章后生效。”但是一方只签字没有盖章，在法院对方就可能会提出由于合同只签字没有盖章，因此合同还未生效的主张。因此此处应当约定：“合同在双方法定代表人或授权人签字或单位盖章后生效。”
6、签约对象的主体资格
当前，经营单位的性质、种类、背景比较复杂，有关部门的管理不到位现象比较普遍。在此情况下，为防范欺诈行为，减少交易风险，非常有必要考虑交易对方的主体资格、履行合同能力、信用情况等。主体资格方面应当查看一下对方的营业执照和企业参加年检的证明资料。不能仅凭其名片、介绍信、工作证、公章、授权书、营业执照复印件等证件。因为有的企业因连续两年不参加年检很有可能已被工商部门吊销营业执照。
7、合同条款必须对等性
合同条款的对等性是公平原则的重要内容。不要签义务多、责任重、权利少这类一边倒的合同，例如合同只规定我方违约要如何处理而无对方违约如何处理的内容。同样，也不要签订权利多、义务少的、责任轻的合同，否则另一方可能以该合同违背公平原则对合同的有效性提出抗辩。
8、注意定金与“订金”的区别
定金是债的一种担保方式。债务人履行债务后，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行约定债务的，无权要求返还定金;收受定金的一方不履行约定债务的，应当双倍返还定金。实践中如把定金写成订金，因订金在法律上被认定为预付款，不具有担保功能。
合同开头和结尾的落款不一致的话会引发各种纠纷，特别是总公司各方面的实力都要比分公司强一些，事实上抬头是分公司，盖章是总公司的话也是不太合理的。总之，业务合作的过程当中，就算是出于对总公司的信任，和分公司签合同也要加盖分公司的公章。
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