房产税由产权所有人缴纳。公司改制后，部分房产从原企业中剥离，如果剥离出来的房产产权也随之转移到新企业，就由新企业缴纳房产税;如果剥离出来的房产产权仍属原企业所有，只是由改制后企业代为管理，则应由原企业缴纳房产税。
《房产税暂行条例》第二条 房产税由产权所有人缴纳。产权属于全民所有的，由经营管理的单位缴纳。产权出典的，由承典人缴纳。产权所有人、承典人不在房产所在地的，或者产权未确定及租典纠纷未解决的，由房产代管人或者使用人缴纳。前款列举的产权所有人、经营管理单位、承典人、房产代管人或者使用人，统称为纳税义务人(以下简称纳税人)。
二、企业改制后怎么补偿员工
公司改制后，按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付补偿金，六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
《劳动合同法》第四十七条规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
企业改制重组后的房产税缴纳主体需要根据实际情况而定，如果新企业获得房屋产权的，新企业需要依据《房产税暂行条例》的相关规定来缴纳房产税，但如果企业改制不涉及房屋所有权转移的，房产税的缴纳主体仍然为原企业。
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