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股权变更登记是股权转让的重要内容，也是股权转让的标志性阶段结论。在现实生活中，往往存在股权变更登记后，受让人迟迟不支付转让款或支付不全。此时，也不能直接去主张股权变更登记取消，这样的话股权变更登记就如同儿戏，也不能显示登记制度的公信力。我们来分析一下股权转让未付款登记已变更怎么办的问题。
股权转让未付款登记已变更可以要求对方按合同约定支付款项,如果对方不支付的可以起诉要求支付转让款或强制执行该股权,而后才能通过再变更登记恢复股权登记。
股权变更登记即因公司股权状况变更而发生的登记，包括股权协议转让变更登记、增资减资变更登记、遗产继承股权变更登记、离婚分割股权变更登记、司法机关强制执行股权变更登记。
股权转让以继受方式取得股东资格，是股权转让合同的目的所在。股权变更登记分为内部登记和外部登记，主要作用就在于，将原仅在股权转让双方之间发生的股权变动，通过记载、公告的方式，使外界(包括公司和公司外第三人)知晓权力的变动，从而达到保护静态安全(权利人对股权的保有利益)和动态安全(公司与公司外第三人在与股东发生相关法律行为时的利益)的双重安全。股权登记中的内部登记和外部登记牵涉的利害关系人范围有所不同，对于股权变动的影响也有所不同。
作为法律拟制体存在的主体，公司的重要事项往往需要一定的形式加以固定并对外公布，实践中采取的方式即簿记的登记及公告等。其实，公司的股权的初始登记及变更登记属于公司的重要信息，对公司、股东以及公司外的第三人均具有非常重要的意义。而股东名册及公司登记机关对股权进行登记，则是商业实践的大浪淘沙保留下来的基本登记形式和主要登记形式。实践中，股东名册的登记区别于工商登记，是内部登记，后者是外部登记。
股权的变动只有详细记载于股东名册，才能成为公司确定股东身份，有效地处理公司与股东之间关系的依据。
它具有自治性和法定性两个特征。前者表现在股东名册是属于股东之间以及股东与公司之间的一种契约性安排，强调公司的一种自治管理，它包括法定记载事项和任意记载事项。后者表现在置备股东名册的法定性和其必要记载事项的法定性。
(1) 基于股东名册的上述特性，对股权转让而言，它有以下推定效力：即股东名册的记载可以作为股权归属的表面证据。只要在股东名册上已有记载，则股东向公司主张行使股东权利时，无须提交其他证明材料。但是，股东名册的记载并不是确定谁是真正的股东的源泉证据，而只是确定谁能无举证的股东权的形式上的根据，也即股东名册对记载股东资格的确定有推定效力，但可为举证所推翻。
(2) 对抗效力，即公司可依股东名册的记载对抗名册外的第三人，在股权转让的情形，如未将受让人记载于股东名册，则受让人在公司行使股东权利时，公司可以以股东名册的记载对抗受让人。
(3)我国《公司法》第74条规定，股东在依法转让股权后，公司应当修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。因此，股东名册的变更记载的义务主体是公司。对于变更记载的具体手续如何办理，相关各方应否协助配合，公司法则语焉不详。在股权转让合同中，由股权转让方进行变更记载是符合合同履行的要求的，但具体操作规则有待细化。
各国的商业登记法律都规定，登记事项经公示之后，即产生两种法律效力，即公信力和对抗力。通过赋予登记的对抗力来保护登记人的合法权益，通过赋予登记的公信力来保护善意第三人，从而维护交易安全。而我国的公司法律制度中，股权的外部登记同样具有以上效力，作为国家对私人行为的干预，股权外部登记更多体现了股东与公司外第三人的权利义务关系的协调。外部登记一般具三个特点：强制性，公示性，要式性。据此，股权的外部登记产生两种效力：对抗性(对抗力)和公示性(公信力)。我国《公司法》第33条及《公司登记管理条例》第9条、第26条规定，公司应将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记;登记事项发生变更的，应当办理变更登记。
我国《公司登记管理条例》对有限责任公司的登记做了非常详细的规定，但对股份有限责任规定不是佷详细，有待完善。比如，对发起人转让股份是否要予以外部登记未作明确登记，仅仅规定当发起人的名称或姓名变更时应要求工商机关予以变更登记。是否可以认为，除此之外的其他发起人的变化可以不做外部登记，比如发起人转让股权。继而可以推定，除《公司管理条例》明确规定需要变更登记的事项外，其他法律关系的变更均不需要借工商登记的公信力加以佐证，仅可以其他登记记载形式取得公信力和对抗力。由于法律具有引导性，在实践中对股份有限公司的股权变动只能做这种选择，有外部登记时则应认可外部登记的公信力和对抗力;在没有外部登记的情况下，由于法律并未作具体明确的强制性要求和一般规定性要求，可以在有股权转让内部登记的公示下，确定其股权变动的公信力和对抗力。
简单而言，内部登记导致股权变动的公司效应，外部登记是内部登记的辅助和补充手段。具体是否办理外部登记，应以法律、行政法规的的规定为准。
实践中，往往有公司不依法设置股东名册。公司法只规定了设立、变更股东名册的义务，并未规定不履行此义务时的法律责任。若此情况下却又外部登记，第三人基于诚实信赖而相信登记机关的公示与之为法律行为的，应优先保护善意第三人的利益，维护交易秩序。若登记与事实不符，则应寻找致瑕疵产生的责任人。若又既无内部登记，也无外部登记，则应从其源头寻根刨底，弄清法律关系的真实面貌，然后据法处理。
通过上述解释，股权转让未付款登记已变更怎么办的问题已经有了明晰的答案。从股权转让变更登记的效力看，已变更登记表明一完成股权的转让，不能通过终止合同的方式再取回股权。未付款虽属合同违约，但已无法通过接触合同来，可先协商解决，协商无果可起诉要求支付转让款或强制执行该股权。而后才能通过再变更登记恢复股权登记。
