总公司代替分公司签署合同是合法的，公司在成立发展有一定规模之后可以成立分公司，若是分公司在成立之前，就已经规定了总公司有权替其签署合同，那么在分公司注册成功之后，总公司才能代替分公司去签署合同，也即正常情形下，总公司是能代替分公司的。
反过来说，分公司不能代表总公司签合同，除非分公司已经得到了总公司的授权。这是由于分公司并没有独立的资产，故此对于民事主体而言，在与分公司签署合同之前，需要确定该分公司是否已经获得了签署此类合同的权利，对于任何总公司并没有授权的合同，即使与分公司签署之后，也有可能并不会有效。
二、分公司和子公司的区别有哪些?
1、二者的经营范围不同
分公司经营范围不得超出母公司的经营范围，子公司可以自行选择经营范围，一般无限制。
2、二者设立的程序不同
分公司的设立程序与一般意义上的公司设立程序不同，设立分公司只需办理简单的登记和开业手续。而子公司需要按照正常规定进行申请和设立。子公司由公司股东按照《公司法》的规定设立，应当符合《公司法》对公司设立条件和投资方式的要求。分公司由总公司在其住所地之外向当地工商机关申请设立，属于设立公司分支机构。
3、二者的财产关系不同
在财产关系结构上，子公司虽然有母公司的参与，但仍有属于自己的财产。分公司的财产则全属于本公司，是本公司财产不可分割的组成部分。分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表。而子公司的财产是独立的，与总公司财产无关。另外，分公司与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收。
4、与总/母公司的控制关系不同
母公司对子公司的控制必须符合一定的法律条件。母公司对子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用间接控制方式，即通过任免子公司董事会成员和投资决策来影响子公司的生产经营决策。而分公司则不同，其人事、业务、财产受总公司直接控制，在总公司的经营范围内从事经营活动。
综上所述，现在很多大型总公司都有多家分公司或者子公司，在对外签订合同的时候，总公司可以帮分公司去签，在这样的合同里面，总公司盖章。当然，分公司有营业执照的，也可以独立对外签订合同，如果超过自己业务范围，则需要向总公司批示。
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