公司清算是一个过程，法律设置了严格的清算程序。所谓的公司清算程序，是指在公司解散清算过程中，按照有关法律、法规的规定应该经过的具体步骤。
一般而言，清算程序是主体资格类行政许可事项注销的必经程序，而对非主体资格类行政许可进行注销则不需要经过清算程序。根据我国相关法律的规定，主体资格类行政许可相对人在向行政许可机关申请注销行政许可之前，应当先组织清算。例如，《中华人民共和国公司登记管理条例》第 43条规定，公司只有在清算结束以后才能向原公司登记机关申请办理注销登记，同时该条例第44条也明确规定清算报告是公司申请注销登记必须提交的材料之一。再例如，《基金会管理条例》第18条规定：基金会在办理注销登记前，应当在登记管理机关、业务主管单位的指导下成立清算组织，完成清算工作。
对于如何进一步合理设置行政许可注销中的清算程序，学界对此也展开了大量探讨，而讨论也主要是集中在对经营类主体资格的清算程序的完善方面。针对经营类主体资格清算制度存在的诸多问题而导致的经营类主体不愿主动组织清算，进而无法正常对行政许可进行注销的现状，许多学者提出了设想。例如，有学者认为应当通过简化清算程序，降低企业清算、注销成本，促成企业自愿清算和申请注销，同时采取公共托管制度，改革营业执照保管方式和企业信息查询体制，并启动依职权注销制度。也有学者认为可以通过运用说服、示范、教育、协商、劝告、建议等行政指导手段，对行政许可相对人进行引导教育，促使其依法进行清算。
公司注销要符合相映的规章制度，才能够进行注销，如果不按照明确的法律规定的制度来进行注销的话，在法律上，该公司还是进行存在的。清算程序结束之后清，清算组向公司原有的申请主管部门进行申请公司注销有关部门同意与该申请之后，即可将该公司在法律上进行取消。
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