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近几年来，随着我国社会主义市场经济机制的建立和运行，人民法院受理的公司破产案件不断增多，于是很多人都想知道在公司破产清算程序存在的问题有哪些?这对能够好的进行公司破产清算程序有很大程度上的帮助作用，所以本文整理了相关内容，为您提供关于公司破产清算程序存在的问题的参考。
一、妥善处理员工安置问题
公司清算期间，需要逐步解除与所有员工的劳动合同，因此很有可能激起员工的强烈不满甚至引起其过激的反应(包括向有关部门申诉、侵占、破坏公司财产、其他破坏公司清算进展的行为)。另外，公司在清算期间，可能还需要保留一部分员工为其工作(比如会计人员)，因此，何时解除、如何解除与员工的劳动合同是清算过程中一个重点和难点。因此，我们建议，公司在进入清算程序后，不用仓促宣布员工安置方案。一方面应妥善考虑员工的反应，本着公平合理的原则，研究制订双方都可能接受的安置方案;另一方面应加快清点公司资产，并安排妥善的保管措施。对于那些暂时留用的员工，要与其进行很好的沟通，保证其清算期间的待遇，或者尽可能的为其安排以后的工作，让其继续尽心的为公司工作。在制订了较为完善的安置方案后，如该被清算企业有工会，可以先与工会协商，取得工会的理解和支持。然后可以将公司的员工按照行政人员、生产人员等分成几批，逐批的与他们沟通协商，对于员工应得的利益，要给予保障，对于公司之前拖欠员工的加班费和其他补助，要给予补偿，在此基础上，分批解除与这些员工的劳动合同。
二、公司财产被侵占和破坏的有关问题
在清算过程中，因为清算委员会对被清算企业的具体情况还不是很熟悉，因此，有可能发生企业财产被侵占和破坏的现象。具体分为：
1、员工有可能在清算过程中，因清算委员会要与其解除劳动合同，对公司怀有怨恨，因此乘机侵占或者破坏公司的财产;
2、清算委员会成员可能利用职权徇私舞弊，谋取非法收入或者侵占公司财产。 上述第一种情况，员工可能侵占的主要是一些小件的但是有价值的生产资料(比如：工具、原材料、办公用品);第二种情况，清算委员会成员可能通过在编制财产清单时少记一些有价值的财产，或者将被清算企业的财产以低价买给其亲友等方式，侵占公司财产。对此，我们建议清算委员会在清算开始后，一方面安抚员工的情绪，减少员工侵占公司财产的可能性，另一方面，尽快清点公司的资产，并且最好另外聘请保安人员对公司的资产进行看管。此外，清算委员会的成员之间也要互相监督，对财产的处置要由清算委员会集体讨论做出决定，以避免个别清算委员会的成员利用职权侵占公司财产的情况出现。
三、公司物品文件的遗失问题
清算过程，因为清算委员会是接管了被清算企业，因此，在交接过程中有可能遗失一些公司的物品和文件，而这些物品文件对于被清算企业而言，很可能是非常重要的，比如：企业的发票本遗失，就会受到税务局的处罚;企业的合同遗失，可能无法准确核对债权债务;公司营业执照、公章等的遗失则可能影响到清算工作的正常进行。因此，我们建议清算委员会在接管被清算企业后，首先要接管该企业的以下物品文件：
1、所有公章、财务章等重要印章;
2、营业执照、税务登记证、海关登记证等重要证照;
3、合同、发票、财务账簿、凭证等重要文件。
4、免税、保税进口物品处置问题
根据《中华人民共和国海关对外商投资企业进出口货物监管和征免税办法》的规定，外商投资企业依法可以免税、保税进口一些设备、生产车辆、原材料、燃料、零部件、散件。但是根据该《办法》第十八条，这些免税物品有一个海关的监管期限，在此期间内，未经海关许可，原则上不得出售、抵押、转让或者移作他用。如果在监管期内，公司进入清算程序的，对于这部分监管的物品的处理如下：
1、如果出售给同样可以享受优惠政策的外商投资企业，首先要到审批机关办理批准手续，然后到海关办理结转手续;
2、如果是出售给其他国内企业，应该经海关同意，并按照其使用年限折旧补税;
3、如果外方投资者想把进口的货物退运出境，也需要到海关办理审批手续，获得批准后，可以退回境外。综上，对于尚在监管期内的保税物品，不论是出售给国内企业、外商投资企业还是退回境外，都必须经过海关的审批，并办理相关手续。因此，公司在进入清算程序后，清算委员会清点资产时发现有保税物品的，在决定了处置方案后，应该及时和海关以及审批机关联系，办理相关批准手续。
四、资产处理问题
在清算程序中，是用金钱对全部债权人进行分配的，对非金钱的企业财产必须通过变卖转化为金钱，这种“转化”过程是被清算企业财产分配的前提条件。在资产处理过程中，因为清算委员会需要在较短的时间内尽可能的最大利益化的将被清算企业的资产(尤其是一些大型的设备、厂房等生产资料)变现为金钱，而这些生产资料作为单独的个体，很难发挥其原有的作用，也就很难尽快以较高的价格售出。因此，我们建议尽可能采取整体出售的方式，生产资料整体出售能够充分发挥其整体效用，并能获得较大利益，所以，将成套的设备，甚至全部设备或者土地厂房连同设备整体出售，是较好的变现方法。
以上是公司破产清算程序存在的问题的全部内容，大家可以适当地进行参考。处理好公司破产清算程序存在的问题，就能顺利完成公司破产清算程序，也才能维护好公司及相关利益人的利益。如需更进一步的了解，可以咨询一下我们律图的在线律师。
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