首先，发票的印制要求不同。增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。
其次，发票使用的主体不同。增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用。
再次，发票的内容不同。增值税专用发票除了具备普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。
第四、发票的联次不同。专用发票有四个联次、七个联次两种，而普通发票则只有三联一种。
最后，发票的作用也是不同的。专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，而且可以用作购买方扣除增值税的凭证；而普通发票除运费、收购农副产品、废旧物资的按法定税率作抵扣外，其他一律不予作抵扣使用。
一般纳税人应通过增值税防伪税控系，使用专用发票。使用，包括领购、开具、缴销、认证纸质专用发票及其相应的数据电文。
本规定所称防伪税控系统，是指经国务院同意推行的，使用专用设备和通用设备、运用数字密码和电子存储技术管理专用发票的计算机管理系统。
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