1、相对于收购而言，企业合并不用支付现金或少付现金而主要是通过交换股票的方式进行，主合并方避免了巨大的融资压力和现金流出，并把由此产生的现金流量投入到合并后企业的重点发展领域，不影响合并后企业的资金周转和经营。目标公司股东可自动成为存续公司或新设公司的股东，保证了企业经营的连续性和稳定性，有利于合并后企业的整合和运作。
2、企业合并协议是在合并双方相互充分协商基础上达成的自愿联合，相对于敌意收购而言，操作简便，避免了敌意收购可能造成两败俱伤的风险。
3、对于参与合并的企业股东而言，由于企业合并主要不以现金进行交易，可以享受延迟纳税的税收优惠待遇。
公司合并涉及公司、股东和债权人等相关人的利益，应当依法进行。根据《公司法》的规定，公司合并的程序通常如下：
1、董事会制订合并方案。
(1)公司的名称与住所。这里所讲公司的名称与住所包括合并前的各公司的名称与住所和合并后存续公司或者新设公司的名称与住所。公司名称应当与公司登记时的名称相一致，并且该名称应当是公司的全称;公司的住所应当是公司的实际住所即总公司所在地。
(2)存续或者新设公司因合并而发行的股份总数、种类和数量，或者投资总额，每个出资人所占投资总额的比例等。
(3)合并各方现有的资本及对现有资本的处理方法。
(4)合并各方所有的债权、债务的处理方法。
(5)存续公司的公司章程是否变更，公司章程变更后的内容，新设公司的章程如何订立及其主要内容。
3、编制资产负债表和财产清单。
资产负债表是反映公司资产及负债状况、股东权益的公司要的会计报表，会计合并中必须编制的报表。合并各方应当真实、全面地编制此表，以反映公司的财产情况，不得隐瞒公司的债权、债务。此外，公司还要编制财产清单，清晰地反映公司的财产状况。财产清单应当翔实、准确。
4、合并决议的形成。
公司合并应当由公司股东会或者股东大会作出合并决议，之后方进行其他工作。公司合并会影响到股东利益，如股权结构的变化。根据《公司法》第四十四条、六十条和第一百零三条的规定，就有限责任公司来讲，其合并应当由股东会作出特别决议，即经代表三分之二以上表决权的股东通过才能进行;就股份有限公司来讲，其合并应当由公司的股东大会作出特别决议，即必须经出席会议的股东所持表决权三分之二以上决议通过才能进行;就国有独资公司来讲，其合并必须由国有资产监督管理机构决定，其中，重要的国有独资公司合并应当由国有资产监督管理机构审核后，报本级人民政府批准，才能进行。
5、向债权人通知和公告。
公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日在报纸上公告。一般来说，对所有的已知债权人应当采用通知的方式告知，只有对那些未知的或者不能通过普通的通知方式告知的债权人才可以采取公告的方式。通知和公告的目的主要是告知公司债权人，以便让他们作出决定，对公司的合并，是否提出异议，此外，公告也可以起到通知未参加股东会(股东大会)的股东的作用。
6、合并登记。
合并登记分为解散登记和变更登记。公司合并以后，解散的公司应当到工商记机关办理注销登记手续;存续公司应当到登记机关办理变更登记手续;新成立的公司应当到登记机关办理设立登记手续。公司合并只有进行登记后，才能得到法律上的承认。
整体来说，企业合并绝对是利大于弊的，两家或者两家以上的企业通过合并以后，不仅在财务的管理模式上更加灵活，方便一些，在激烈的市场竞争当中采用合并的这种做法反而是为了保证自身的竞争力。但由于企业合并是一项非常严肃的法律行为，所以合并的过程必须谨遵公司法和其他相关法律。
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