公司合并应注意的问题包括合并的方式和合并所必须经历的过程，具体如下：
公司合并可以分吸收合并和新设合并两种方式。依据公司法第184条第2款，一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。二个以上公司合并并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
(一)订立合并协议
对合并协议应包括哪些主要条款，公司法没有规定。对此可以参照对外贸易经济合作部、国家工商行政管理局《关于外商投资企业合并与分立的规定》(以下简称合并与分立规定)第21条规定的外商投资企业之间的合并协议的主要内容，即：
1、合并协议各方的名称、住所、法定代表人;
4、合并形式;
5、合并协议各方债权、债务的承继方案;
6、职工安置办法;
7、违约责任;
8、解决争议的方式;
9、签约日期、地点;
10、合并协议各方认为需要规定的其他事项。
(二)通过合并协议
合并协议是导致公司资产重新配置的重大法律行为，直接关系股东的权益，是公司的重大事项，所以公司合并的决定权不在董事会，而在股东(大)会，参与合并的各公司必须经各自的股东(大)会以通过特别决议所需要的多数赞成票同意合并协议。我国公司法第39条、第66条、第106条分别对有限责任公司、国有独资公司和股份有限公司对合并需要股东(大)会特别决议通过。其中，有限责任公司股东会对公司合并的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过;国有独资公司的合并应由国家授权投资的机构或者国家授权的部门决定;股份有限公司股东大会对公司合并作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过。
(三)编制资产负债表和财产清单
(四)通知债权人和公告
我国公司法第184条第3款规定了通知债权人的程序和公告的方式。
该条规定，参与合并的公司“不清偿债务或者不提供相应的担保的，公司不得合并”。表明我国公司法赋予了参与合并的公司债权人异议有阻止合并程序进行的效力。
为了保护债权人，最高人民法院《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》第32条规定：“企业进行吸收合并时，参照公司法的有关规定，公告通知了债权人。企业吸收合并后，债权人就被兼并企业原资产管理人(出资人)隐瞒或遗漏的企业债务起诉兼并方的，如债权人在公告期内申报过该笔债权，兼并方在承担民事责任后，可再行向被兼并企业原资产管理人(出资人)追偿。如债权人在公告期内未申报过该笔债权，则兼并方不承担民事责任。人民法院可告知债权人另行起诉被兼并企业原资产管理人(出资人)。
(五)主管机关批准
公司法第183条规定：“股份有限公司合并或者分立，必须经国务院授权的部门或者省级人民政府批准。”所以，主管机关的批准是股份有限公司合并的必经程序。
(六)办理公司变更、注销登记
公司合并后，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记。被吸收公司因解散应向公司登记机关办理注销登记。
综上，公司合并所涉及到的法律问题非常之多，所以在实际的操作过程中通常会占据很长的时间，而公司合并后的效果要么就是原有的公司规模变大了，要么就是在市场上出现了一个全新的公司组织，但是在合并的过程中也必须要这种流程的合法性。
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