分公司注销的其他应付款的处理是，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，拟定提出清算方案，报股东会讨论通过或者主管机关确认，确认通过之后进行账务清理。
《公司法》第一百八十三条规定，公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
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