股东协议是公司内股东之间的协议，个人合作协议更纯粹个合作协议，之间存在的较明显的区别，两者从意义上、约定内容上等等有很多的不同。
1、股东协议是股东之间的协议，基础是双方都是公司的股东，双方在出资范围内对公司承担责任，通过公司章程成立公司。
2、个人合作协议，双方根据合作协议承担责任、享受权利。可以存在于合伙等多种企业形式中。
(一)合伙协议
《民法典》第九百六十七条 合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。
其法律特征是：
1、合伙须有两个及其以上的公民;
2、合伙是按合伙合同联合起来的经济单位;
3、合伙人必须共同出资、共同经营、共同劳动、共担风险;
4、合伙财产归全体合伙人共有，合伙人对合伙债务承担连带责任。个人合伙应当签订合伙协议。合伙协议是指明确合伙人之间权利义务关系的协议。当事人未订立书面协议，但具备合伙条件，又有两个以上无利害关系人证明有口头协议的，人民法院可以认定其具有合伙关系。
1、重大决策的制定。谁控制了董事会，就控制了公司，拥有对重大决策的制定权。大股东可以很容易做到控制董事会。通常，股东协议书可以有一个条款，规定一些特定的决策需要全体股东的批准。这种规定可以保护小股东的利益。
2、融资安排和股东给公司的贷款。公司运作起来经常需要股东投钱进来，为了保障投钱股东的利益，可以考虑拿公司的资产来抵押给投钱股东，并且支付合理的利息。
3、 股份转让条款，指一个股东想买断另一个股东时如何处理的条款。一个常见的规定是，一方可以提出买断另一方股份的提议和出价，另一方有权决定接受还是拒绝。 如果另一方拒绝，则必须要反过来按原来的出价买断提议方的股份。这种规定提供了对双方利益的保护和一个有效的股东退出机制。
4、股东离婚时导致股份被分割给前配偶时如何处理。可以考虑制定一个买断条款，公司(或其他股东)有权买断转给前配偶的股份。
5、股东有意外时，如死亡、残废时，如何处理。
总的来说，合伙人协议和股东协议都是合作的象征和保证。保护双方合法权益不受对方侵害，保障合作顺利开展，也是一个积极的发展趋势。两者的申请形式和主题不同，不同形式的合作需要不同的合作协议。选对了就是利益的保证。
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