(一)当事人约定管辖
股权转让涉及到股权转让合同书，而合同书内会约定好争议的解决条款，其中就包括股权转让纠纷的管辖法院。在这里要注意，合同内约定管辖法院明确的，依据合同约定的为准。而类似于合同争议条款中的“发生争议，协商不成的，向人民法院起诉”，属于约定管辖法院不明，这种情况视为没有协议管辖，适用于法定管辖。
(二)约定不明走法定管辖
法律上对法定管辖有什么规定?根据我国《民事诉讼法》第23条的相关规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。
(三)将公司列为被告的管辖
将公司列为被告的应由公司住所地人民法院管辖。《民诉法司法解释》第22条规定，因股东名册记载、请求变更公司登记、股东知情权、公司决议、公司合并、公司分立、公司减资、公司增资等纠纷提起的诉讼，依照民事诉讼法第26条规定确定管辖。
最高人民法院《民事案件案由规定》(2008年2月4日，法发号)在“第九部分与公司、证券、票据有关的民事纠纷”之“二十二、与公司有关的纠纷”项下列了一个第三级案由“248.股权转让纠纷”。
具体来说，股权转让纠纷是指股东之间、股东与非股东之间进行股权转让而发生的纠纷，包括有限责任公司的股权转让纠纷和股份有限公司的股权转让纠纷(即股份转让纠纷)两种情况。有限责任公司兼具人合性和资合性，《公司法》对其股权转让作出了相关的强制性规定;股份有限公司是典型的资合性公司，其股权以自由转让为基本特征。实践中，股权转让纠纷日益增多，尤其是有限责任公司的股权对外转让，因为《公司法》对其作出了较多的限制性规定，如转让时需经其他股东过半数同意、其他股东的优先购买权等，造成实践中关于股权转让合同的效力、优先购买权等引发的纠纷不断增多;此外，《公司法》还规定了公司在特定情形下应收购股东的股权，这类纠纷也有不断增多的趋势，因此，《民事案件案由规定》将股权转让纠纷列为第三级案由。
对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成(如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效)，因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。
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