1、两者的侧重不相同。
注册资本是指合营企业在登记管理机构登记的资本总额,是合营各方已经缴纳的或合营者承诺一定要缴纳的出资额的总和。认缴出资额是指企业的法定注册资本，注册资本是企业根据企业章程规定应缴的注册金。
2、两者的组成不相同。
注册资本中以合营企业为例，成立之前必须在合营企业合同、章程中明确企业的注册资本，合营各方的出资额、出资比例、利润分配和亏损分担的比例，并向登记机构登记。而认缴出资额由实缴出资和应缴出资两个部分组成。
3、两者的法律依据不相同。
认缴出资额主要由《公司注册资本登记管理规定》中的相关法律法规体现和规定执行。而注册资本主要由《公司法》中的法律法规规定和执行。
4、两者的计算方法不相同。
如果法条中的股东认缴的出资额与登记事项中的股东的认缴出资额是一个概念的话，其算数关系式是：公司注册资本 = 全体股东“认缴出资”之和。
5、两者在规定上有不同的体现。
按照《中华人民共和国公司法》第二十八条规定，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户;以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。
股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。也就是说，只有缴纳注册资本才可以形成公司，而公司中股东要缴纳相应的出资额来保证公司在银行设立账户，所以两者在规定中有不同的体现。
通常只有缴纳了注册资本，也就是注册资金，他才可以有资格形成公司就代表这个公司具有法人，而法人他可以独立承担相关的所有责任。而如果是认缴资本，那么就分为他应当缴纳的资本和实际缴纳的资本，但最终他可能成立的只是一个合伙的企业，每一个出资人都要承担这个企业的连带责任。
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