保密协议一般包括保密内容、责任主体、保密期限、保密义务及违约责任等条款。保密协议可以分为单方保密协议和双方保密协议。单方保密协议是指一方对另一方单方面负有保密义务的协议。
明确保密信息范围
用人单位在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来，最好通过列举的方式列明所有需要保密内容，否则很容易因约定不明引发诉讼纠纷。不同的企业和同一企业的不同时期，保密范围、内容也有所变化，用人单位应及时修改保密协议内容。
明确保密主体
商业秘密的保密主体一般仅限于涉密岗位的劳动者，对于保密岗位和技术岗 位，要求其不得披露、赠与、转让、销毁或者协助第三人侵犯公司的商业秘密。除上述涉密岗位以外，不必然承担保密义务的劳动者在工作中有意或无意获悉公司秘 密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任。此外，那些掌握了商业秘密的劳动者家属、朋友，对保守商业秘密也应该负有同等义务。
保密协议中应明确约定保密期限，虽然法律规定劳动者保守秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间，以免引起不必要的纠纷。
明确双方的权利、义务
在保密协议中应明确约定如何使用商业秘密、涉及商业秘密的职务成果的归属、涉密文件的保存与销毁方式等内容，有特殊条款的还应以列举方式进行约定。
此外，根据《劳动合同法》的规定，保密协议中不得直接设定违约金，若约定违约金存在被认定为无效的风险。但这并不意味着保密协议中不可约定违约责任，保密协议中可约定违反保密义务的赔偿内容以及计算赔偿数额的方式。
约定竞业限制条款
虽然竞业限制条款可约可不约，但不可否认竞业限制条款是商业秘密有力的保护伞。需要注意的是，必须明确约定竞业限制的期限和义务、经济补偿标准、经济补偿的支付时间以及条款解除的条件，否则稍有不慎，企业就有可能陷入支付高额经济补偿金的危险。
确定纠纷管辖机构
保密协议中可以约定争议解决机构，但争议解决机构必须确定、唯一，不能既约定选择仲裁机构又约定选择法院，不能既约定选择A地又约定选择B地的仲裁机构或法院，否则该条款无效。
