(1)保护的对象和范围不同
著作权的对象是作者所创的文学、艺术和科学作品，是有形资产。其作品包括以下形式：文学作品;口述作品;音乐、戏剧、曲艺、舞蹈作品;美术、摄影作品;工程设计、产品设计图纸及其说明;地图、示意图等图形作品;计算机软件;法律、行政法规规定的其他作品。对著作权的保护范围是指这些作品的发表权，修改权，保护作品完整权，使用权和获得报酬权。
而商标权的对象是以文字，图形或者其组合构成的注册商标，属无形资产。对商标权的保护范围以核准注册的商标核定使用的商品为限。
(2)原始权利产生的途径不同
著作权在我国同其他大多数国家一样，都是在作者的作品创作完成之后，即依法自动产生，而不需要经过任何主管机关的审查批准。而商标权在我国实行的是注册在先原则，只有经过最先申请注册并获主管机关的审查核准后，才能取得商标专用权。
(3)国家主管机关和适用法律不同
我国《著作权法》是管理著作权的基本法律。国家版权局是主管全国著作权的管理工作。
(4)保护的目的不同
著作权保护的是在文学，艺术和科学方面所创作的作品和与此相关的权益。其目的在于鼓励有益于社会的作品创作和传播，促进社会文化和科学事业的发展和繁荣。
商标权保护的商标，是具有区别商品或服务来源的显著特征的标志。保护的目的是为了促进生产者保证商品质量和维护商标信誉，以保障消费者的利益，促进社会基本法律。国家工商行政管理局商标局是主管全国商标注册和管理的工作。
(5)时效性不同
我国《著作权法》规定，作者的署名权，修改权，保护作品完整权的保护期不受限制。公民作品的发表权，使用权和获得报酬权的保护期为作者终生及其死亡后50年;如果是合作者作品，截止于最后死亡的作者死亡后50年。法人或非法人单位的作品，著作权(署名权除外)由法人或非法人单位享有的职务作品，其发表权，使用权和获得报酬权的保护期为50年。电影，电视，录像和摄影作品的发表权，使用权和获得报酬权的保护期为50年。作品自创立完成后50年内未发表的不再保护。
而我国《商标法》规定，注册商标的有效期为10年，期满可以续展注册，而且可以无制重复申请，每次续展注册的有效期均为10年。
对于商标著作权和商标权认定，应当根据申请的不同情况而定，另外对于两者存在权利保护上的冲突时，可以按照在先权利的原则来进行处理，即对先适用的权利进行认定，后适用的权利可能导致侵权行为的发生。
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