商标行政诉讼与因商标侵权纠纷引起的民事诉讼不同，不可将二者混为一谈。
1、处理对象不同。
商标行政诉讼是因商标行政争议，即在商标管理过程中被处罚人对工商行政管理机关作出的处罚是否合法和适当而引起的争议;而商标侵权诉讼则是侵权人和被侵权人之间因商标侵权行为引起的民事赔偿争议为对象的。
2、当事人在诉讼中地位不同。
商标行政诉讼发生在行政主体和行政相对人，即工商行政管理机关和被行政处罚人之间;前者只能是被告，且没有反诉权，后者永远是原告;商标侵权诉讼双方是平等民事主体，在诉讼中地位平等，享有对等的诉讼权利。
3、两种诉讼的法律原则和适用程序不同。
商标行政诉必须根据《行政诉讼法》，适用的是行政诉讼程序，而商标侵权诉讼则依据《民事诉讼法》，适用的是民事诉讼程序。行政诉讼中的复议选择原则、诉讼不中止执行原则、有限变更原则等不适用于民事诉讼，民事诉讼中的处分原则、调解原则也不全适用于行政诉讼。
必须实施了原告认为侵犯其合法权益的具体行政行为; 实施的具体行政行为与原告认为被侵犯的合法权益之间必须有因果关系; 必须是由人民法院通知应诉。 当事人直接向人民法院提起诉讼的，作出具体行政行为的工商行政管理机关是被告;经复议的案件，复议机关决定维持原具体行政行为的，作出原具体行政行为的工商行政管理机关是被告;复议机关改变原具体行政行为的，复议机关是被告;由法律、法规授权的组织实施具体行政行为的，该组织是被告。例如，根据《商标法》的规定，商标局主管全国商标注册和管理工作，可以以自己的名义作出具体行政行为，当事人对商标局作出的可以提起行政诉讼的具体行政行为不服的，商标局为被告。
综合上面所说的，商标行政诉讼与民事诉讼是不一样的起诉情形，两者在适用的法律条款上是完全不一样的，一般行政诉讼是针对于行政方面的争议，而对于民事诉讼是针对于公民与公民之间产生的民事纠纷，这都是有很大的区别。
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