(一)事由不同
依据我国《商标法》第44条和第45条的规定，撤销事由包括自行改变注册商标或者商标注册事项;自行转让注册商标;连续三年停止使用;使用注册商标的商品粗制滥造、以次充好，欺骗消费者。
依据我国《商标法》第41条规定的商标权无效事由可分为三类：
第一，欠缺注册的绝对条件，即商标不得使用法律禁止使用的标志《商标法》第10条)、必须具备显著特征(《商标法》第11条)、立体商标不得使用功能性标志(《商标法》第12条)、不得以欺骗手段(《商标法》第41条第一款);
第二，侵害在先权利，即侵犯他人在先申请注册的商标权(《商标法》第28条)及其他在先民事权利(《商标法》第31条);
第三，注册人违反诚实工商业习惯，包括侵害驰名商标权益(《商标法》第13条)、代理人或者代表人擅自以自己名义注册被代理人或者被代表人商标(《商标法》第15条)、不当使用地理标志误导公众(《商标法》第16条)、抢注他人在先使用并有一定影响商标(《商标法》第31条)、以其他不正当手段取得注册(《商标法》第41条第一款)。
(二)时限不同
有撤销事由发生即可申请撤销商标权，因撤销事由发生的不确定性，对申请撤销无法设定时限。
依照《商标法》第41条的规定，申请商标权无效宣告的时限分为两种情形：
第一，没有时限。对于欠缺商标注册绝对条件的，商标局依职权或者其他单位或者个人请求商标评审委员会裁定宣告该商标无效不受时间的限制;对于恶意侵犯驰名商标权益获得注册的商标，驰名商标所有人申请宣告该商标无效也不受时间的限制。前者是保护社会公共利益的需要，后者体现了对驰名商标的特殊保护和对恶意行为的严惩。
第二，五年。由于民事权利的意思自治性，只有在先权利人或者利害关系人才能请求商标评审委员会宣告无效，商标局不得以保护在先权利为由，依职权宣告。而且，在先权利只是一种私权，给予法律保护的同时必须考虑社会关系及市场秩序的稳定性等公益因素。侵犯在先权利的商标经过长期使用，已经建立了市场信誉，如果宣告该商标无效，会破坏现存的经济关系。因此，在先权利人的无效宣告请求权须在一定期限内行使，大多数国家规定在商标注册之日起五年内提起，我国《商标法》第41条第二款和第三款亦同。
(三)法律后果不同
可撤销事由发生在商标权取得之后，被撤销的商标权自撤销后失效。依据《商标法》第55条第2款的规定，注册商标被撤销的，由商标局予以公告，该注册商标专用权自商标局的撤销决定作出之日起终止。无效事由存在于商标权取得之时，被宣告无效的商标权自始无效。
商标无效与商标撤销有事由、时限不同以及承担的法律后果不同，商标无效宣告一般是没有按照合法的程序来进行注册或者是商标属于违法的行为所宣告的事宜，而商标撤销一般是在注册的过程中做出了令商标局不满的事情所撤销。
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