公司商标侵权加盟的店要负责任，主要有民事责任、行政责任和刑事责任。具体如下：
我国法律对侵犯商标权，未构成犯罪的，可以采取以下民事处罚措施：
1、停止侵害、消除影响。停止侵害、消除影响是商标侵权案件中侵权人首先应承担的一项民事责任，它往往和其他民事责任合并使用。商标侵权行为的严重后果是给消费者造成混淆，使商标权人的商品或服务受到不利影响，停止侵害、消除影响可以减少商标权人的损失，尽快恢复商标权人在市场竞争中应有的位置。因此，在处理商标侵权案件时，通常要求侵权人承担此类民事责任。
2、赔偿损失。根据《商标法》第56条的规定，侵犯商标专用权的赔偿数额，为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利益，或者被侵权人在被侵权期间因被侵权所受到的损失，包括被侵权人为制止侵权行为所支付的合理开支。根据《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》的有关规定，侵权所获得的利益，可以根据侵权商品销售量与该商品单位利润乘积计算;该商品单位利润无法查明的，按照注册商标商品的单位利润计算;因被侵权所受到的损失，可以根据权利人因侵权所造成商品销售减少量或者侵权商品销售量与该注册商标商品的单位利润乘积计算;制止侵权行为所支付的合理开支，包括权利人或者委托代理人对侵权行为进行调查、取证的合理费用。人民法院根据当事人的诉讼请求和案件具体情况，可以将符合国家有关部门规定的律师费用计算在赔偿范围内。根据《商标法》第56条的规定，侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予五十万元以下的赔偿。这就是所谓的“法定赔偿额”制度，有助于人民法院迅速结案，防止久拖不结，以保护商标权人的合法权益。
二、其他法条的规定，
根据《商标法》第53条的规定，工商行政管理部门处理商标侵权案件时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并可处以罚款。根据《商标法实施条例》第52条的规定，对侵犯注册商标专用权的行为，罚款数额为非法经营额3倍以下;非法经营额无法计算的，罚款数额为10万元以下。
根据我国《刑法》的规定，商标犯罪违法行为有三种：假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪、非法制造或销售非法制造的注册商标标识罪。
在当代社会对于公司内部是存在着一些商标方面的使用的，这样的一种商标使用的话是专有的权利，其他的公司是不能够利用这种商标的影响力来进行一定的盈利活动的，比如说加盟店也是使用了，这样商标就需要负责。
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