侵犯商业秘密并不适用于举证责任倒置，应当由原告进行举证处理，举证责任倒置是按照举证责任分配的一般规则本来应当配置给一方当事人的客观举证责任，可以通过法律上的明确规定等转移给另一方当事人承担。民事纠纷中，实行举证责任倒置的情形有：
1、因环境污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任;
2、高空坠物致人损害的侵权诉讼，由所有人或者管理人对其无过错承担举证责任;等等。
依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第6条、《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第13条，在劳动争议纠纷案件中，因用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议的，由用人单位负举证责任。此条对劳动争议纠纷案件中的举证责任分配作了规定。有观点认为在此类案件中实行的是举证责任倒置，即将本应由劳动者承担的举证责任倒置给用人单位承担，并将此类案件定性为“劳动者不服用人单位决定而产生的劳动争议案件”。
劳动者总是原告，用人单位总是被告的基础上的，但实际情形并非总是如此。当用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议时，多数情况下的确是劳动者诉至法院，此时该条规定发挥了举证责任倒置的效果。但也不排除用人单位诉至法院的情形，此时用人单位必然要对其主张赖以成立的法律要件事实予以举证，不存在举证责任倒置的问题。
此外，在公司诉讼、消费者权益诉讼等中也存在举证责任倒置的规定：
《公司法》第63条：“一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。”
《消费者权益保护法》第23条第3款：“经营者提供的机动车、计算机、电视机、电冰箱、空调器、洗衣机等耐用商品或者装饰装修等服务，消费者自接受商品或者服务之日起六个月内发现瑕疵，发生争议的，由经营者承担有关瑕疵的举证责任。”
对于举证责任倒置的具体认定是基于实际的犯罪事实和犯罪后果来进行认定处理的，只有在符合条件的条件下，司法机关才会判定淮责任倒置，这种情况下被告也是需要承担一定的举证义务的，具体情况由司法机关来进行认定。
延伸阅读：
