(一)关于罪与非罪的认定
1.关于侵犯的对象是否为“商业秘密”的认定上文对商业秘密概念和范围进行了简单概括，虽然以范围列举的方式已经很明确具体，但关于“商业秘密”认定还存有一定争议，包括时代发展中出现的各种新的不同形式商业秘密的认定，例如关于网络中有关数据资料的认定;还包括技术信息的关键组成部分、技术信息组成部分的组合但不是技术信息整体是否构成商业秘密等。
2.关于侵犯商业秘密罪行为方式的认定困境是否实施了本罪规定的危害行为是认定构成本罪的行为条件，在认定行为方式中刑法将其援引到了《反不正当竞争法》的规定，但是由于我国《反不正当竞争法》也已实施多年，不但具有滞后性，不能穷尽现实中所有侵犯商业秘密的行为方式，在规定的行为方式上也缺乏经济领域与刑事领域区别。
3.侵犯商业秘密是否构成“重大损失”的认定是否属于“重大损失”关系到侵犯商业秘密是否构成犯罪，而现行刑法和刑法有关司法解释对“重大损失”的规定并不具体，尤其是对于新形式、新内容商业秘密的价值也没有界定标准，司法实务中对损失的计算范围、计算方式也存在诸多困惑，价值，尤其是许多技术性商业秘密的损失计算专业性极强，因此对于“重大损失”的计算和认定是此类案件办理中的重点也是难点问题。
(二)关于适用罪名的认定
侵犯商业秘密罪在实践中经常与破坏生产经营罪、非法经营同类营业罪、盗窃罪、侵犯国家秘密罪之间产生区分难点，因为侵犯商业秘密的行为本身就包含着对其他生产经营者生产经营活动的破坏，也是对其他经营同类业务的生产经营者的非法竞争。商业秘密是一种秘密，被权利人采取了保护性措施，侵犯商业秘密也一定是以秘密窃取的方式获得并进行权力滥用，因此也会产生与盗窃罪的竞合。而从内容方面，商业秘密在内容上有时会关系到国家的利益和安全，某种情况下可能同时成为国家秘密，侵犯此类商业秘密也会同时触犯了侵犯国家秘密罪。
实践中大多数企业对其所拥有的商业秘密都十分重视，因此也都采取了保护措施，作为单个个体来说想要侵犯商业秘密也并不是一件容易的事。对于掌握或者能够轻易获得商业秘密的主体来说，单个人完成侵犯商业秘密的犯罪是可能的，实践中这种带着原企业技术秘密、经营信息秘密等离职的也不在少数。还有一类情况是虽然不能掌握单位的商业秘密，但是与其他人联合并事先做好各项准备工作来实施盗取侵犯商业秘密的行为，现实中企业竞争对手利用其内部员工侵犯商业秘密的共同犯罪行为十分普遍。例如恶意第三人指使他人获取被害人的商业秘密并共同使用的，是构成共同犯罪还是以侵犯商业秘密罪论。
刑法第二百一十九条关于商业秘密的条件与反不正当竞争法第十条的规定完全一致，即秘密性、价值性、实用性和保密性。但是对其中“不为公众所知悉”(秘密性)和“采取保密措施”(保密性)在刑法上的认定还存在模糊。
其一，“不为公众所知悉”的认定。刑法第二百一十九条所表述的“不为公众所知悉”中“公众”的含义较为含糊。通常认为，在现有公开发行的技术文献中能检索到的技术属于公知技术，如不能检索到，一般作为“不为公众所知悉”的专有技术认定。但是如果从能检索到的公知技术中通过推理、计算和简单改进的技术是否为专有技术，在认定上有一定的难度。如果争有只是一定范围内和一定程度上公开，根据公开的技术加以改进和演变或进行进一步研究开发后得出与权利人一样的技术能否认定侵权，也是办理此类案件中经常遇到的问题。从能检索到的公知技术中通过推理、计算和简单改进的技术不能作为专有技术，因为所谓“专有”最重要的特征是其独创性。如果一种技术只要是具有一般知识的人就可以从公知技术中推演出来，那就谈不上有独创性，也就无所谓“专有了”。
其二，“采取保密措施”的认定。“采取保密措施”是认定侵犯商业秘密罪的构成要件之一，达到何种程度可以认为采取了合理的保护措施，同样是认定的难点。这些问题确实亟待作出明确的法律规定或司法解释。就一般情况而言，如果这种改进没有质的变化，只是数量、特性的增减，可以认定是侵权;如果发生质的变化，与原有技术相比已经有很大的飞跃，可以不认为是侵权。
从刑法理论上讲，侵犯商业秘密罪是结果犯，只有侵犯商业秘密的行为给权利人造成重大损失的才构成犯罪;否则，不构成犯罪。商业秘密属于无形财产，因此造成的损失不仅限于量的损失，还应包括一种“无形减损”，即权利人因商业秘密被侵犯而在实际上遭受的竞争优势和竞争能力等的丧失。
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